RefSeq NC_008800.1
Accession number NC_008800.1
DoriC accession number ORI80020043
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.605263
The location of oriC region 4615789..269 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif ARGATCDTKTBMTT

StartP-valueSite
1921.04e-08ATTCACATTTAAGATCATGTGATTAAGGAGGATC
1106.30e-07TAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTC
1261.59e-06TTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTA
2102.18e-06GTGATTAAGGAGGATCGTTTGCTGTGAATGATCG
1522.18e-06ATCTCTTATTAGGATCATGACCTTCTGTGGATAA

Motif TTATBCACA

StartP-valueSite
3473.92e-06TCAAGCTTACTTATCCACATTCGTTCGCG
2738.76e-06AAATGGCATGTTATGCACAGGCACTTTAA
1801.66e-05GGATAAGTGATTATTCACATTTAAGATCA

Motif TWYTGYKTWTRMSCTGSKDTS

StartP-valueSite
3181.22e-10TGTGGATATGTACTGCTTATACCCTGCTTTCAAGCTTACTT
2411.51e-10TCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCAT
288.15e-10TTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI80020043 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
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ORI20020030 91.534 378 30 2 1 377 1 377 0.0 520
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ORI10020018 89.796 294 28 2 85 377 4 296 0.0 375
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ORI94030310 80.0 310 48 13 53 355 48 350 0.0 217
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ORI93020120 77.108 332 55 18 51 371 322 1 4.34403e-44 172
ORI96000429 76.737 331 58 17 51 371 322 1 2.04029e-42 167
ORI93020094 76.235 324 69 8 36 355 342 23 7.33019e-42 165
ORI93020092 77.663 291 47 17 1 281 378 96 9.48006e-41 161
ORI95020123 76.133 331 60 17 51 371 322 1 4.41e-39 156
ORI93020110 76.133 331 58 20 36 355 343 23 1.59e-38 154
ORI96000432 75.758 330 63 15 51 371 322 1 2.05e-37 150
ORI96000423 78.161 261 39 17 10 261 362 111 2.05e-37 150
ORI94030317 75.684 329 63 16 36 355 37 357 7.38e-37 148
ORI95020126 79.263 217 34 10 51 261 322 111 1.24e-34 141
ORI96000387 78.571 210 38 7 110 315 270 64 7.43e-32 132
ORI93020109 78.571 210 38 7 110 315 270 64 7.43e-32 132
ORI93020091 79.213 178 30 7 110 283 270 96 2.08e-27 117
ORI90020046 73.78 328 68 14 51 369 321 3 2.69e-26 113