RefSeq NC_010159.1
Accession number NC_010159.1
DoriC accession number ORI92220056
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.602632
The location of oriC region 4504144..269 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidaGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioc
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif RGAVGATC

StartP-valueSite
1082.45e-05TTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTA
2083.48e-05ATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTG
1905.51e-05TTATTCACATGGAAGATCATATAATTAA
685.51e-05ACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGG
878.05e-05ACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATT

Motif GTTATDCACAT

StartP-valueSite
3464.07e-07TTTAAGTATAGTTATACACATTCGTTCGCGC
2727.69e-07TAAATGGCATGTTATGCACATTCACTCGGCA
1795.53e-06TGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCAT
176.07e-06GCACCTCGCCGTTATACGAATTTCTGTGTTT

Motif TGTGWDTRMSCKGKGRTS

StartP-valueSite
2222.87e-09GATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCCTATTGCGTA
2444.08e-09GTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCAT
315.86e-09TACGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI92220056 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
ORI96000376 99.211 380 3 0 1 380 380 1 0.0 686
ORI96000375 99.211 380 3 0 1 380 1 380 0.0 686
ORI96000374 99.211 380 3 0 1 380 1 380 0.0 686
ORI93020117 99.211 380 3 0 1 380 1 380 0.0 686
ORI90020045 99.211 380 3 0 1 380 380 1 0.0 686
ORI20020031 99.211 380 3 0 1 380 1 380 0.0 686
ORI20020030 99.211 380 3 0 1 380 1 380 0.0 686
ORI10020019 98.947 380 4 0 1 380 1 380 0.0 680
ORI92520061 98.684 380 5 0 1 380 380 1 0.0 675
ORI92020050 98.421 380 6 0 1 380 1 380 0.0 669
ORI10020008 98.425 381 5 1 1 380 1 381 0.0 669
ORI92320057 98.158 380 7 0 1 380 380 1 0.0 664
ORI96020516 99.357 311 2 0 70 380 1 311 0.0 564
ORI10020018 99.331 299 2 0 82 380 1 299 0.0 542
ORI10030027 99.331 299 2 0 82 380 1 299 0.0 542
ORI80020043 90.741 378 33 2 1 377 1 377 0.0 503
ORI94030361 90.0 380 32 5 1 377 1 377 0.0 486
ORI92220054 85.714 378 43 8 4 375 378 6 0.0 388
ORI96020517 87.58 314 33 5 70 380 311 1 0.0 359
ORI10030033 79.635 329 56 11 35 358 50 372 0.0 226
ORI93020097 84.416 231 31 5 53 281 52 279 0.0 222
ORI94030310 80.0 310 48 13 53 355 48 350 0.0 217
ORI93020095 78.116 329 61 11 35 358 342 20 0.0 198
ORI96000435 77.812 329 61 12 35 358 50 371 0.0 193
ORI93030282 77.742 310 58 10 51 355 46 349 0.0 180
ORI93020116 78.621 290 45 16 51 331 51 332 2.8026e-45 176
ORI93020115 78.621 290 45 16 51 331 51 332 2.8026e-45 176
ORI96000391 76.676 343 58 20 1 331 1 333 1.58347e-43 171
ORI93020094 75.915 328 63 12 36 355 342 23 1.59e-38 154
ORI94030317 75.641 312 63 12 36 340 37 342 3.43e-35 143
ORI93020110 75.817 306 61 12 36 334 343 44 3.43e-35 143
ORI93020092 73.864 352 71 19 1 340 378 36 1.61e-28 121
ORI96000387 73.433 335 69 16 35 355 352 24 1.25e-24 108
ORI93020109 73.433 335 69 16 35 355 352 24 1.25e-24 108
ORI96000423 75.325 231 46 10 36 261 335 111 2.1e-22 100
ORI93020091 74.713 261 46 16 35 281 352 98 7.54e-22 99