RefSeq NC_012917.1
Accession number NC_012917.1
DoriC accession number ORI93020095
OriC length 391 nt
OriC AT content 0.601023
The location of oriC region 4807536..4807926 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif GATCTTTM

StartP-valueSite
2631.72e-05TAAATAAAAAGATCTTTCTTTAATTAAC
3472.83e-05GGCAAATAACGATCGTTCGCCACTTATC
2475.35e-05CTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGA
1815.35e-05CCATTCTCTTGATCTTTAATATGAATAA
1467.30e-05TAGGATCACCGATCATTCACAGGTAAGG

Motif RCGAGGATC

StartP-valueSite
3772.46e-06TCGCAATAATGCGAGGAGCAGTACC
2795.07e-06TCTTTAATTAACGAGGATCCAACGGACTT
1349.16e-06GCTTATACTGGCTAGGATCACCGATCATT
2162.81e-05TCCACACAACACGACGATCCTAATAAGAG
1585.06e-05TCATTCACAGGTAAGGATCAACGCCATTC

Motif GWGTADAADCCS

StartP-valueSite
985.81e-07TTTTTGTCCTGTGTATAAACCCACATTAAGAT
477.56e-07CTTAATTCTGGTGTAAAAGCCGTAGTTATCCC
3168.58e-07GCTCAAAGTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGG
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI93020095 100.0 391 0 0 1 391 1 391 0.0 723
ORI96000435 96.899 387 11 1 5 391 386 1 0.0 647
ORI10030033 96.144 389 15 0 3 391 389 1 0.0 636
ORI92220054 82.997 347 40 19 20 356 23 360 0.0 296
ORI93020110 80.702 342 52 12 23 356 23 358 0.0 254
ORI93020094 80.0 340 57 10 23 356 23 357 0.0 241
ORI94030317 79.885 348 50 18 23 359 357 19 0.0 237
ORI80020043 80.303 330 52 13 20 342 358 35 0.0 237
ORI94030361 79.939 329 55 11 20 342 358 35 0.0 231
ORI92520061 79.331 329 57 11 20 342 23 346 0.0 220
ORI92020050 79.394 330 55 13 20 342 358 35 0.0 220
ORI92320057 79.091 330 56 13 20 342 23 346 0.0 215
ORI10020019 79.027 329 58 11 20 342 358 35 0.0 215
ORI96000376 78.723 329 59 11 20 342 23 346 0.0 209
ORI96000375 78.723 329 59 11 20 342 358 35 0.0 209
ORI96000374 78.723 329 59 11 20 342 358 35 0.0 209
ORI93020117 78.723 329 59 11 20 342 358 35 0.0 209
ORI90020045 78.723 329 59 11 20 342 23 346 0.0 209
ORI20020031 78.723 329 59 11 20 342 358 35 0.0 209
ORI20020030 78.723 329 59 11 20 342 358 35 0.0 209
ORI92220056 78.116 329 61 11 20 342 358 35 0.0 198
ORI93020092 78.549 317 52 13 49 356 48 357 0.0 195
ORI10020008 77.879 330 61 12 20 342 359 35 0.0 195
ORI96020517 78.472 288 53 9 20 302 23 306 0.0 180
ORI94030310 82.028 217 34 5 111 324 262 48 0.0 180
ORI96020516 77.431 288 56 9 20 302 289 6 2.72006e-41 163
ORI10020018 77.656 273 53 8 20 288 277 9 3.51e-40 159
ORI10030027 77.656 273 53 8 20 288 277 9 3.51e-40 159
ORI93020097 79.13 230 46 2 96 324 280 52 1.26e-39 158
ORI96000387 75.776 322 50 25 51 353 51 363 1.65e-33 137
ORI93020109 75.776 322 50 25 51 353 51 363 1.65e-33 137
ORI93020091 75.776 322 50 22 51 353 51 363 1.65e-33 137
ORI10030090 75.417 240 42 14 95 326 84 314 2.16e-22 100