RefSeq NC_009381.1
Accession number NC_009381.1
DoriC accession number ORI90020045
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.594737
The location of oriC region 4483111..4483490 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
miocTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgida
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
mioCTTAGCTCAAAGATCGCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACATAACAACCTTGATTCTGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCCTTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCACAGAGGATCATGATCCTAATAAGAGATCTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGCAGTACCgidA
5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif GATCYT

StartP-valueSite
2872.04e-04AATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTG
2242.04e-04AGAGGATCATGATCCTAATAAGAGAT
1662.04e-04CACAACAAACGATCCTCCTTAATTAT
2664.27e-04TAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTA
2504.27e-04CTAATAAAGAGATCTTTAAATAAAAA

Motif ATGTGCATAAC

StartP-valueSite
991.09e-06TGCCGAGTGACTGTGCATAACATGCCATTTA
251.74e-06GCGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAAA
1921.33e-05ATGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCCA
3541.39e-05AAACACAGAAATTCGCATAACGGCGAGGTGC
3691.43e-05CATAACGGCGAGGTGCAGTACC

Motif SCAGGG

StartP-valueSite
477.25e-05ATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGT
3371.69e-04ATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96000376 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
ORI96000375 100.0 380 0 0 1 380 380 1 0.0 702
ORI96000374 100.0 380 0 0 1 380 380 1 0.0 702
ORI93020117 100.0 380 0 0 1 380 380 1 0.0 702
ORI90020045 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
ORI20020031 100.0 380 0 0 1 380 380 1 0.0 702
ORI20020030 100.0 380 0 0 1 380 380 1 0.0 702
ORI10020019 99.737 380 1 0 1 380 380 1 0.0 697
ORI92520061 99.474 380 2 0 1 380 1 380 0.0 691
ORI92220056 99.211 380 3 0 1 380 380 1 0.0 686
ORI92020050 99.211 380 3 0 1 380 380 1 0.0 686
ORI10020008 99.213 381 2 1 1 380 381 1 0.0 686
ORI92320057 98.947 380 4 0 1 380 1 380 0.0 680
ORI96020516 100.0 311 0 0 1 311 311 1 0.0 575
ORI10020018 100.0 299 0 0 1 299 299 1 0.0 553
ORI10030027 100.0 299 0 0 1 299 299 1 0.0 553
ORI80020043 91.534 378 30 2 4 380 377 1 0.0 520
ORI94030361 90.789 380 29 5 4 380 377 1 0.0 503
ORI92220054 86.508 378 40 8 6 377 6 378 0.0 405
ORI96020517 88.217 314 31 5 1 311 1 311 0.0 370
ORI10030033 80.243 329 54 11 23 346 372 50 0.0 237
ORI93020097 84.483 232 31 5 99 328 280 52 0.0 224
ORI94030310 80.323 310 47 13 26 328 350 48 0.0 222
ORI93020095 78.723 329 59 11 23 346 20 342 0.0 209
ORI96000370 77.747 364 61 20 25 377 22 376 0.0 206
ORI94030349 77.747 364 61 20 25 377 22 376 0.0 206
ORI96000435 78.419 329 59 12 23 346 371 50 0.0 204
ORI93020116 77.485 342 56 19 50 380 332 1 0.0 185
ORI93020115 77.485 342 56 19 50 380 332 1 0.0 185
ORI93030282 78.065 310 57 10 26 330 349 46 0.0 185
ORI96000391 77.259 343 56 20 50 380 333 1 0.0 182
ORI93020094 76.453 327 63 11 26 345 23 342 7.33019e-42 165
ORI94030317 75.915 328 64 14 26 345 357 37 1.59e-38 154
ORI93020110 75.684 329 63 15 26 345 23 343 7.38e-37 148
ORI93020092 74.148 352 70 19 41 380 36 378 3.46e-30 126
ORI96000387 73.887 337 64 19 26 346 24 352 2.69e-26 113
ORI93020109 73.887 337 64 19 26 346 24 352 2.69e-26 113
ORI96000423 74.806 258 53 11 120 371 111 362 4.51e-24 106
ORI93020091 74.809 262 46 16 99 346 97 352 2.1e-22 100