RefSeq NC_004088.1
Accession number NC_004088.1
DoriC accession number ORI10030027
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.594737
The location of oriC region 4600396..20 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif ARGATC

StartP-valueSite
2102.04e-04ATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTG
1522.04e-04ATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCT
892.04e-04CAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATT
1924.27e-04ATTCACATGGAAGATCATATAATTAA
1264.27e-04TTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAG

Motif GTTATGCACAT

StartP-valueSite
2721.09e-06TAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCA
3461.74e-06TTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGC
1791.33e-05TGGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCAT
171.39e-05GCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTT
21.43e-05GGTACTGCACCTCGCCGTTATG

Motif CCCTGS

StartP-valueSite
3297.25e-05ACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCAT
391.69e-04TCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGAT
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96000376 100.0 380 0 0 1 380 380 1 0.0 702
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ORI94030361 90.789 380 29 5 1 377 1 377 0.0 503
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ORI96020517 88.217 314 31 5 70 380 311 1 0.0 370
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ORI93020097 84.483 232 31 5 53 282 52 280 0.0 224
ORI94030310 80.323 310 47 13 53 355 48 350 0.0 222
ORI93020095 78.723 329 59 11 35 358 342 20 0.0 209
ORI96000370 77.747 364 61 20 4 356 376 22 0.0 206
ORI94030349 77.747 364 61 20 4 356 376 22 0.0 206
ORI96000435 78.419 329 59 12 35 358 50 371 0.0 204
ORI93020116 77.485 342 56 19 1 331 1 332 0.0 185
ORI93020115 77.485 342 56 19 1 331 1 332 0.0 185
ORI93030282 78.065 310 57 10 51 355 46 349 0.0 185
ORI96000391 77.259 343 56 20 1 331 1 333 0.0 182
ORI93020094 76.453 327 63 11 36 355 342 23 7.33019e-42 165
ORI94030317 75.915 328 64 14 36 355 37 357 1.59e-38 154
ORI93020110 75.684 329 63 15 36 355 343 23 7.38e-37 148
ORI93020092 74.148 352 70 19 1 340 378 36 3.46e-30 126
ORI96000387 73.887 337 64 19 35 355 352 24 2.69e-26 113
ORI93020109 73.887 337 64 19 35 355 352 24 2.69e-26 113
ORI96000423 74.806 258 53 11 10 261 362 111 4.51e-24 106
ORI93020091 74.809 262 46 16 35 282 352 97 2.1e-22 100