RefSeq NC_010465.1
Accession number NC_010465.1
DoriC accession number ORI92320057
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.594737
The location of oriC region 4655153..4655532 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif GATCBTCY

StartP-valueSite
2662.53e-05TAAATAAAAAGATCTTCTTTTAATTAAA
1663.60e-05CACAACAAACGATCCTCCTTAATTATAT
3065.72e-05CCACTTGGTCGATCGTCTAAACTTGAGT
1845.72e-05TTAATTATATGATCTTCCATGTGAATAA
2878.31e-05AATTAAAGGCGATCCTATGCCACTTGGT

Motif TGTGTATAA

StartP-valueSite
1005.16e-06GCCGAGTGCCTGTGTATAACATGCCATTT
265.16e-06CGCGAACGAATGTGTATAACTATGCTTAA
1932.25e-05TGATCTTCCATGTGAATAATCACTTATCC
3193.20e-05CGTCTAAACTTGAGTAGAATCCCCCACCC

Motif AHCVCAGGKYAHACVCARHAR

StartP-valueSite
3344.25e-10AGAATCCCCCACCCCAGGGCAAACACAGAAATTCGCATAAC
1212.21e-09TGCCATTTAGATCCCAGCTTATACGCAATAGGATCACCGGT
441.76e-08ACTATGCTTAAAAGCAGGGTAAAACCAGTAGATATCCACAT
1432.26e-08ACGCAATAGGATCACCGGTCACTCACAACAAACGATCCTCC
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI92320057 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
ORI92020050 99.737 380 1 0 1 380 380 1 0.0 697
ORI10020019 99.211 380 3 0 1 380 380 1 0.0 686
ORI96000376 98.947 380 4 0 1 380 1 380 0.0 680
ORI96000375 98.947 380 4 0 1 380 380 1 0.0 680
ORI96000374 98.947 380 4 0 1 380 380 1 0.0 680
ORI93020117 98.947 380 4 0 1 380 380 1 0.0 680
ORI92520061 98.947 380 4 0 1 380 1 380 0.0 680
ORI90020045 98.947 380 4 0 1 380 1 380 0.0 680
ORI20020031 98.947 380 4 0 1 380 380 1 0.0 680
ORI20020030 98.947 380 4 0 1 380 380 1 0.0 680
ORI92220056 98.158 380 7 0 1 380 380 1 0.0 664
ORI10020008 98.163 381 6 1 1 380 381 1 0.0 664
ORI96020516 98.714 311 4 0 1 311 311 1 0.0 553
ORI10020018 98.662 299 4 0 1 299 299 1 0.0 531
ORI10030027 98.662 299 4 0 1 299 299 1 0.0 531
ORI94030361 91.27 378 31 2 4 380 377 1 0.0 514
ORI80020043 91.27 378 31 2 4 380 377 1 0.0 514
ORI92220054 86.243 378 41 8 6 377 6 378 0.0 399
ORI96020517 88.782 312 33 2 1 311 1 311 0.0 381
ORI10030033 80.0 330 53 13 23 346 372 50 0.0 231
ORI93020097 84.052 232 32 5 99 328 280 52 0.0 219
ORI93020095 79.091 330 56 13 23 346 20 342 0.0 215
ORI94030310 79.612 309 51 11 26 328 350 48 0.0 211
ORI96000370 77.686 363 63 18 25 377 22 376 0.0 206
ORI94030349 77.686 363 63 18 25 377 22 376 0.0 206
ORI96000435 78.182 330 58 14 23 346 371 50 0.0 198
ORI93020116 77.193 342 57 19 50 380 332 1 0.0 180
ORI93020115 77.193 342 57 19 50 380 332 1 0.0 180
ORI93030282 77.955 313 52 14 26 330 349 46 0.0 180
ORI96000391 76.968 343 57 20 50 380 333 1 2.8026e-45 176
ORI93020094 75.535 327 66 11 26 345 23 342 7.38e-37 148
ORI96000423 73.929 280 61 11 98 371 89 362 5.83e-23 102