RefSeq NC_003143.1
Accession number NC_003143.1
DoriC accession number ORI10020008
OriC length 381 nt
OriC AT content 0.590551
The location of oriC region 4653618..270 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidaGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioc
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
gidAGGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAAGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGTTGTTATGTGGATATCTACTGGTTTTACCCTGCTTTTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCGCGATCTTTGAGCTAAmioC
5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif ASGATC

StartP-valueSite
2112.04e-04ATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTG
1532.04e-04ATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCT
892.04e-04CAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATT
1273.59e-04TTTTATTTAAACGATCTCTTTATTAG
703.59e-04TCAAGTTTAGACGATCGACCAAGTGG

Motif CAMNTGGCA

StartP-valueSite
1861.59e-06AGTGATTATTCACATGGCAGATCATATAA
791.85e-05GACGATCGACCAAGTGGCATAGGATCGCC
2852.19e-05TATGCACAGTCACTCGGCAGAATCAAGGT
84.99e-05GGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAA
2636.66e-05AGCTGGGATCTAAATGGCATGTTATGCAC

Motif TGYGWDTRMSCKGKGRTS

StartP-valueSite
2454.01e-09GTGATCGTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATGGCAT
2234.01e-09GATCGTTTGTTGTGAGTGACCGGTGATCGTATTGCGTA
317.26e-09TGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI10020008 100.0 381 0 0 1 381 1 381 0.0 704
ORI96000376 99.213 381 2 1 1 381 380 1 0.0 686
ORI96000375 99.213 381 2 1 1 381 1 380 0.0 686
ORI96000374 99.213 381 2 1 1 381 1 380 0.0 686
ORI93020117 99.213 381 2 1 1 381 1 380 0.0 686
ORI90020045 99.213 381 2 1 1 381 380 1 0.0 686
ORI20020031 99.213 381 2 1 1 381 1 380 0.0 686
ORI20020030 99.213 381 2 1 1 381 1 380 0.0 686
ORI10020019 98.95 381 3 1 1 381 1 380 0.0 680
ORI92520061 98.688 381 4 1 1 381 380 1 0.0 675
ORI92220056 98.425 381 5 1 1 381 1 380 0.0 669
ORI92020050 98.425 381 5 1 1 381 1 380 0.0 669
ORI92320057 98.163 381 6 1 1 381 380 1 0.0 664
ORI96020516 99.038 312 2 1 70 381 1 311 0.0 558
ORI10020018 99.0 300 2 1 82 381 1 299 0.0 536
ORI10030027 99.0 300 2 1 82 381 1 299 0.0 536
ORI80020043 90.765 379 32 3 1 378 1 377 0.0 503
ORI94030361 90.026 381 31 6 1 378 1 377 0.0 486
ORI92220054 86.016 379 41 9 4 376 378 6 0.0 396
ORI96020517 87.302 315 33 6 70 381 311 1 0.0 353
ORI10030033 79.394 330 56 12 35 359 50 372 0.0 222
ORI93020097 83.404 235 29 9 53 283 52 280 0.0 209
ORI94030310 79.421 311 49 14 53 356 48 350 0.0 206
ORI93020095 77.879 330 61 12 35 359 342 20 0.0 195
ORI96000370 77.049 366 61 22 4 357 376 22 0.0 189
ORI94030349 77.049 366 61 22 4 357 376 22 0.0 189
ORI96000435 77.576 330 61 13 35 359 50 371 0.0 187
ORI93020116 76.744 344 56 22 1 332 1 332 1.58347e-43 171
ORI93020115 76.744 344 56 22 1 332 1 332 1.58347e-43 171
ORI93030282 77.17 311 59 11 51 356 46 349 1.58347e-43 171
ORI96000391 76.453 344 58 21 1 332 1 333 7.34981e-42 165
ORI93020094 75.61 328 65 12 36 356 342 23 7.4e-37 148
ORI94030317 75.076 329 66 15 36 356 37 357 4.46e-34 139
ORI93020110 74.848 330 65 16 36 356 343 23 2.07e-32 134
ORI93020092 73.371 353 72 20 1 341 378 36 9.71e-26 111