RefSeq NC_017265.1
Accession number NC_017265.1
DoriC accession number ORI96020516
OriC length 311 nt
OriC AT content 0.620579
The location of oriC region 4532022..269 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif ARGATC

StartP-valueSite
1412.01e-04ATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTG
832.01e-04ATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCT
202.01e-04CAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATT
1234.58e-04ATTCACATGGAAGATCATATAATTAA
574.58e-04TTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAG

Motif TTATDCACA

StartP-valueSite
2044.99e-06AAATGGCATGTTATGCACAGTCACTCGGC
2781.14e-05TTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCG
1111.93e-05GGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCA

Motif GATCYT

StartP-valueSite
1671.91e-04AGTGACCGGTGATCCTATTGCGTATA
911.91e-04TTAGGATCATGATCCTCTGTGGATAA
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435.88e-04ATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAA
728.71e-04CTCTTTATTAGATCTCTTATTAGGAT
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96020516 100.0 311 0 0 1 311 1 311 0.0 575
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ORI80020043 89.644 309 30 2 1 308 70 377 0.0 392
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ORI92220054 86.774 310 31 7 2 306 310 6 0.0 337
ORI94030310 80.488 287 42 13 7 286 71 350 0.0 207
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ORI93030282 79.693 261 43 9 31 286 94 349 0.0 180
ORI96000370 79.245 265 39 16 31 287 278 22 1.27518e-43 171
ORI94030349 79.245 265 39 16 31 287 278 22 1.27518e-43 171
ORI96000435 77.778 288 55 9 6 289 89 371 4.58225e-43 169
ORI93020116 79.6 250 38 13 21 262 88 332 1.64933e-42 167
ORI93020115 79.6 250 38 13 21 262 88 332 1.64933e-42 167
ORI93020095 77.431 288 56 9 6 289 302 20 2.12997e-41 163
ORI96000391 78.8 250 40 13 21 262 89 333 3.57e-39 156
ORI93020094 76.654 257 47 10 37 286 273 23 2.16e-31 130
ORI94030317 74.653 288 60 12 6 286 76 357 6.05e-27 115
ORI93020110 75.581 258 49 12 37 286 274 23 6.05e-27 115
ORI96000387 75.299 251 53 8 41 286 270 24 7.83e-26 111
ORI93020109 75.299 251 53 8 41 286 270 24 7.83e-26 111
ORI93020092 74.525 263 50 15 19 271 291 36 6.1e-22 99
ORI93020091 77.273 176 35 5 41 213 270 97 6.1e-22 99
ORI96000423 76.404 178 34 8 20 192 285 111 3.67e-19 90