RefSeq NC_009708.1
Accession number NC_009708.1
DoriC accession number ORI92020050
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.592105
The location of oriC region 4722947..20 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif ARGATC

StartP-valueSite
2102.07e-04ATAATTAAGGAGGATCGTTTGTTGTG
1522.07e-04ATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCT
892.07e-04CAAGTGGCATAGGATCGCCTTTAATT
1924.32e-04ATTCACATGGAAGATCATATAATTAA
1264.32e-04TTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAG

Motif TTATACACA

StartP-valueSite
3475.00e-06TTAAGCATAGTTATACACATTCGTTCGCG
2735.00e-06AAATGGCATGTTATACACAGGCACTCGGC
1802.19e-05GGATAAGTGATTATTCACATGGAAGATCA
543.13e-05GGGTGGGGGATTCTACTCAAGTTTAGACG

Motif CTCGSC

StartP-valueSite
117.72e-05GGTACTGCACCTCGCCGTTATGCGAA
2861.78e-04TACACAGGCACTCGGCAGCATCAAGG
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI92020050 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
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ORI96000374 99.211 380 3 0 1 380 1 380 0.0 686
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ORI20020030 99.211 380 3 0 1 380 1 380 0.0 686
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ORI10020018 98.997 299 3 0 82 380 1 299 0.0 536
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ORI80020043 91.534 378 30 2 1 377 1 377 0.0 520
ORI92220054 86.508 378 40 8 4 375 378 6 0.0 405
ORI96020517 89.103 312 32 2 70 380 311 1 0.0 387
ORI10030033 80.303 330 52 13 35 358 50 372 0.0 237
ORI93020097 84.483 232 31 5 53 282 52 280 0.0 224
ORI93020095 79.394 330 55 13 35 358 342 20 0.0 220
ORI94030310 79.935 309 50 11 53 355 48 350 0.0 217
ORI96000370 77.747 364 61 20 4 356 376 22 0.0 206
ORI94030349 77.747 364 61 20 4 356 376 22 0.0 206
ORI96000435 78.485 330 57 14 35 358 50 371 0.0 204
ORI93020116 77.485 342 56 19 1 331 1 332 0.0 185
ORI93020115 77.485 342 56 19 1 331 1 332 0.0 185
ORI93030282 78.275 313 51 14 51 355 46 349 0.0 185
ORI96000391 77.259 343 56 20 1 331 1 333 0.0 182
ORI93020110 76.22 328 63 14 36 355 343 23 3.41e-40 159
ORI94030317 75.841 327 66 13 36 355 37 357 1.59e-38 154
ORI93020094 75.841 327 65 11 36 355 342 23 1.59e-38 154
ORI93020092 75.465 269 52 12 1 261 378 116 5.79e-28 119
ORI96000387 73.887 337 64 19 35 355 352 24 2.69e-26 113
ORI93020109 73.887 337 64 19 35 355 352 24 2.69e-26 113
ORI96000423 74.286 280 60 11 10 283 362 89 1.25e-24 108
ORI93020091 75.285 263 45 16 35 283 352 96 1.25e-24 108