RefSeq NC_012962.1
Accession number NC_012962.1
DoriC accession number ORI93020097
OriC length 378 nt
OriC AT content 0.650794
The location of oriC region 41092..41469 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif GDGTTATCCMCRG

StartP-valueSite
3196.55e-08GGATAACTACGGGTTAACCCCGGCTTTTTATAT
3423.60e-07CTTTTTATATGAGTTATCCACAACCAACCGCTT
2686.80e-07TCTAAATCGGGAGTTATTCACAGAGCGATCATG
851.35e-06GACCAAGTGGGTGAGATCGCCGGTAATTAAAAG

Motif GATCTTTT

StartP-valueSite
1584.68e-05TTAGGATCATGATCTTTTGTGGATAAGT
1394.68e-05CTCTTTATTAGATCTTTTATTAGGATCA
1104.68e-05ATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTAAAGA
1266.56e-05TTTATTTAAAGATCTCTTTATTAGATCT
2101.05e-04CATTGTAAAGGATCATTTGTTGTGAATG

Motif TGAWCC

StartP-valueSite
2331.53e-04GAATGATCCGTGATCCTAGAGGGTAT
2261.53e-04TTGTTGTGAATGATCCGTGATCCTAG
62.82e-04GGTGATGAACCTTTCGTTGTA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI93020097 100.0 378 0 0 1 378 1 378 0.0 699
ORI10020016 91.573 356 28 2 1 354 1 356 0.0 490
ORI94030310 82.955 352 49 9 7 353 5 350 0.0 307
ORI93030282 81.714 350 58 6 7 354 5 350 0.0 287
ORI92520061 84.914 232 30 5 52 280 328 99 0.0 230
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ORI96000375 84.483 232 31 5 52 280 53 282 0.0 224
ORI96000374 84.483 232 31 5 52 280 53 282 0.0 224
ORI93020117 84.483 232 31 5 52 280 53 282 0.0 224
ORI92020050 84.483 232 31 5 52 280 53 282 0.0 224
ORI90020045 84.483 232 31 5 52 280 328 99 0.0 224
ORI20020031 84.483 232 31 5 52 280 53 282 0.0 224
ORI20020030 84.483 232 31 5 52 280 53 282 0.0 224
ORI10020019 84.483 232 31 5 52 280 53 282 0.0 224
ORI92220056 84.416 231 31 5 52 279 53 281 0.0 222
ORI94030361 84.12 233 30 6 52 280 53 282 0.0 219
ORI92320057 84.052 232 32 5 52 280 328 99 0.0 219
ORI80020043 84.052 232 32 5 52 280 53 282 0.0 219
ORI10020008 83.404 235 29 9 52 280 53 283 0.0 209
ORI96020516 84.112 214 29 5 70 280 2 213 0.0 202
ORI92220054 82.328 232 36 5 52 280 328 99 0.0 196
ORI10020018 85.052 194 25 4 89 280 10 201 0.0 195
ORI10030027 85.052 194 25 4 89 280 10 201 0.0 195
ORI96020517 83.256 215 29 6 70 280 310 99 0.0 191
ORI10030033 80.435 230 43 2 52 280 68 296 1.26117e-44 174
ORI96000435 79.583 240 45 4 43 280 58 295 5.63322e-43 169
ORI93020095 79.13 230 46 2 52 280 324 96 1.22e-39 158
ORI93020091 78.531 177 31 5 108 280 270 97 3.46e-25 110
ORI96000387 77.901 181 32 6 108 284 270 94 4.48e-24 106
ORI93020109 77.901 181 32 6 108 284 270 94 4.48e-24 106
ORI93020094 82.4 125 19 3 52 174 325 202 4.48e-24 106
ORI94030317 81.6 125 21 2 52 174 54 178 5.8e-23 102
ORI93020110 80.8 125 22 2 52 174 326 202 2.7e-21 97
ORI93020092 75.51 196 40 8 89 279 288 96 4.51e-19 90
ORI96000423 73.477 279 55 16 50 318 321 52 1.62e-18 88