RefSeq NC_015224.1
Accession number NC_015224.1
DoriC accession number ORI94030361
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.610526
The location of oriC region 4551997..269 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif ARGATC

StartP-valueSite
2101.89e-04GCAATTAAGGAGGATCGTTTGCTGTG
1521.89e-04ATCTCTTATTAGGATCATGATCCTCT
891.89e-04CAAGCAGCTTAGGATCGCTCTTAATT
1264.22e-04TTTTTATTTAAAGATCTCTTTATTAG
1104.22e-04TAATTAAAAGAAGATCTTTTTATTTA

Motif TDCTGYGTATRMBCTGBGDTC

StartP-valueSite
2412.68e-10TCGGTGATCCTATTGCGTATAAGCTGGGATCTAAATAGCAT
281.96e-09TTATGCGAATTTCTGTGTTTGCCCTGGGGTGGGGGATTCTA
3182.50e-09TGTGGATATGTACTGCTTATACCCTGCTTTCAAGCTTACTT
2194.54e-09GAGGATCGTTTGCTGTGAATGATCGGTGATCCTATTGCGTA

Motif TTATHCACA

StartP-valueSite
3474.36e-06TCAAGCTTACTTATCCACATTCGTTCGCA
2731.07e-05AAATAGCATGTTATACACAGGTGCTTTAA
1801.91e-05GGATAAGTGATTATTCACATTTAAGATCA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI94030361 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
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ORI93020095 79.939 329 55 11 35 358 342 20 0.0 231
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ORI95020123 79.253 241 35 12 51 283 322 89 1.59e-38 154
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ORI93020094 75.309 324 72 8 36 355 342 23 7.38e-37 148
ORI93020092 77.491 271 43 14 1 261 378 116 2.66e-36 147
ORI94030317 75.305 328 66 14 36 355 37 357 3.43e-35 143
ORI96000423 76.834 259 46 13 10 261 362 111 2.07e-32 134
ORI96000387 77.99 209 41 5 110 315 270 64 3.46e-30 126
ORI93020109 77.99 209 41 5 110 315 270 64 3.46e-30 126
ORI93020091 79.888 179 31 5 110 285 270 94 3.46e-30 126
ORI90020046 76.636 214 38 9 51 258 321 114 1.25e-24 108