RefSeq NC_005126.1
Accession number NC_005126.1
DoriC accession number ORI10020016
OriC length 380 nt
OriC AT content 0.657895
The location of oriC region 44490..44869 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif SGTGATANCMCMRG

StartP-valueSite
2335.49e-08GTGAATGATCCGTGATCCCACAAGGTATAAACTG
3201.35e-07TGGATAACTACGGGTTAACCCCGGCTTTTTAGAT
851.35e-07AGACCAAGTGGGTGAGATCACCGGTAATTAAAAG
693.90e-07CTCAAGTTTCGGTGATAGACCAAGTGGGTGAGAT

Motif ARGATC

StartP-valueSite
2104.37e-04AAAGCTGTAAAGGATCATTTGTTGTG
1924.37e-04TTTCCTTAGAAAGATCATAAAGCTGT
1524.37e-04ATCTTTTATTAGGATCATGATCTTTT
1264.37e-04TTTTTATTTAAAGATCTGTTTATTAG
1094.37e-04TAATTAAAAGAAGATCTTTTTTATTT

Motif AGTTATYCACAA

StartP-valueSite
3455.28e-08TTTTTAGATGAGTTATCCACAATCGTTTGCTG
2711.96e-07CTAAATCGGTAGTTATTCACAAGGTGATCATT
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI10020016 100.0 380 0 0 1 380 1 380 0.0 702
ORI93020097 91.573 356 28 2 1 356 1 354 0.0 490
ORI96000370 75.769 260 56 7 99 355 278 23 1.24e-29 124
ORI94030349 75.769 260 56 7 99 355 278 23 1.24e-29 124
ORI95030439 78.919 185 34 5 99 281 278 97 1.61e-28 121