DoriC

RefSeq

NC_015173

DoriC accession number

pORI00000323

OriC length

3677 nt

OriC AT content

0.6979

The location of oriC region

18543..22219 nt

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OriC map

OriC sequences

CTCCTTATATGTATATATTATATATGAATTAAAATAACATTATAAACGAATGAATTCCACCTTTTATATTTATTTATAATTGGAATAAATTAATATATACAAGATTTATTTATTCCAATTGCTTTATTGACAACGAGCCTCTGAACCCTTAACAAACCCTAAACTTGTCGAATCGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTACAAGTTTAGTTAAGGGTTCTTCTCATTGATCAATAAATTTTCTCGGCATAAATGTGTACTTATTTTATGCACTCTTTTACCCCCTACATTATGTATTGGTTTATACGTTGATTTATGGGCTAATTTAACGTCATACCATAAACCACCCCATAAATCAGGGACATCTGAAGAAACTCAGAATTAAGGGATATTCAATTCCTCGTGACTCTCTTAGTTAAACTCTGTTTAATTAAGATTTTTTTATGTTTCATTGTTCAAGGGCGCACTTACATACCAAAATGGTATCGTGCTAAAACCGAAAATCGCGTATGACATCCCAATACCTTTATTTTGCATTTTAAGGGGGTATTTAGAGCAAACTCTGTATTTCTTGTGTTTTTAACTCAAATTTCAATATAAGCGTTTAAAACGCAAATATGAGCCATATAAGATACAATTATCTATATAATTAAGTTACACTTATCCATACAACTAACGTACATTTTTCCTGATTTTATACCTGCAAGATAAGTGTAAGAAAAATGTATAGATAATTGTTATACAAAAACAATATTGGTTTACTGATACAACTGTATTTTACGACTTCACTTTGTGATACTGTTCAAAAATTATAGTTTGATTGGAACTCCCTAAATTTTATATAACTTGAAAAGTTAAATTATTTAGTTCAGTTTTACTTATAATCAGTGGCGATTTTTAGACACTGCCCAGTTACATGCAAACTAAAATTTTGCATAAAATCCTTTAAAAAGCGATGACTTTTTTTAGTTCCTGCAGGGGCAAATTTCTGTAAAAAAAACCGAAATTTTGATTTTGTCCAAAATAAAAATTAAGAGCATAAGGGAAATTTGCTACCTTTGAAAAAGGTAGGTCTGGCGAAGCCAGACATTTCAAGACTTACAACGTTTTTACTCAGGTATCCAAAAATCGCTTTGTACCCTAAAAGTACCCACAACATATAGTATGGTACCCTAAAAGTACCCTACGCATATTGTGGCTGTACCCTAAAAGTACCCTAATGTTTTTTAGTACTTTTCAATAAAAAACGCTAGCTTTTTCGCTAACGTTTTAAAAAGAATATCAAAGTTTATACTCAAATTTCTTCGTTAATTTCATCAATCATTTGATGATTAATTTTACTTTTTTCTTCTTCAGTCAAATCAAAAATTTCACTCGCTAAGTACTCTTTTTGGTTCCAGTGATAAAAAATTTGATAAATATATTCTGTCGGGTTCTGTTGCAAAGTTGAGTTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTATGCTATATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGACGTCATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATACGCACTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATACTAAGAGAACGTGGTGTCAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCTCCGATTTTGTATCAAATTTGAAAGAAAAAACATAAAAAGGCCTATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAACTATTTATATCGTGCCATTGATGCAGAGGGACATACATTAGATATTTGGTTGCGTAAGCAACGAGATAATCATTCAGCATATGCATTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAGTAATTAAAGCTTTTAAACTTAAACCTGACTGTCATTGTACATCGAAATATCTGAATAATCTCATTGAGCAAGATCACCGTCATATTAAAGTAAGAAAGACAAGATATCAAAGTATCAATACGGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGACATATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCAGTAATCACATAGTTAATTAGTGGCAGTTTTACATTTAAGGCTGTCAAGTGATATTATTAAATAAAAATAAGAAAAGCACAACTACGCCAATAGTTGTGCTAAGGTAATAAAACGTTGTCGACGTTTATTTAATATACGTTGTGTTTTCATTATATTAAATCTATCAAACAAGTGCAAGCACCTAGATTATTAAATAAACGTGAATAAATGTAATCGTTTTATTACCTCTATCCCCAAAATAATGGAAAGAGGTTTTTATTATGTCTAACAAATTTTACTTAGAAGAACAGTACAAAGAACGATTTTATCAATTACCCAAAGTATTTTTTACTAATTCTACTTATAAAAAATTATCAAATGACGCAAAAATTGCTTACGCTATCTTACGTGATCGACTTGAATTATCAATAATGAATGACTGGGTAGATGAAGAAAACGCAATTTATTTTATATATACGAATGAAAATCTAATGTCAATTCTTAATTTAGGAAAAAATAAAATTGTTAAAATTAAAAAGGAATTAGAAAACGTAAATTTATTAGAGCAAAAAAGACAAGGATTAAATAAACCTAATAAATTATATTTAATGAAACCCGATGTGAACATTAATGATATTTATAAGATACAAGAAAGTGAAAACATCATTAAAGCCAATGATGACGCGGAAGTTTACAAAACAAACTTCTAGAAGTCTCAAAAACAAACTCTAATGATACTGAATTTAATGATACTACTACTTCTTCAGAATCAAGTAGTGGTGGTAGTAACTTATCAAAATGGATTCATAAAATTAAACTAGAGTTTAATATTCCAATAACAACAACCTATCAAAATGAATTAAATTCACTATTACCGAAGTTTGATGATGAAGTTATTGGTTACGCTATACAATATGCTTCTAAACATGGCAACAATCCTAAAGTGTTTTTCCTTAAAGTGTTACAAAATTGGTCTGACAAGGGTATCAAAACATTAAACGAAGCTAAAAATTATAACGTTAAAAAACCTAACAATATAAAAAGTAAAGAATTAACGCCAGATTGGTTGAAGAATCCAGATCAAAAGCAAAGCAAAAAAATGACTCCAGAAGAAAAAGCAGAGTTTGAAAGGGAACGAGAAGCATTTAGACGACAGTTAAATGAACTTTGGGGAGAATAATTAGCTATCCAGCTAAATACAACATTTACTTTAAAGAAGTAGATTCGACAGAATATGTTTATCAAATTTTATATCACTGGAACCCCAAAGAGTATTTAGCGCGTGAAATTTTTGATTTGTCCGAAGAAGAAAAAAAGTAAAATTAATCATCAAATGATTGATGAGATTGACGAAGAAATTTGAATATAAATTTTGATATTTATTCTAAGACATTAGCGAAAAAGCTGGCGTTTTTTTATTGAAAAGTGCTAAAAACATTAGGGTACTTTAAAGGTGCCATACTAT

AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif KGTACCCTWAAMRTACCCWAAWSWTATHG

Start	P-value		Site
1178	3.18e-15	CATATAGTAT	GGTACCCTAAAAGTACCCTACGCATATTG	TGGCTGTACC
1146	1.14e-13	AAAATCGCTT	TGTACCCTAAAAGTACCCACAACATATAG	TATGGTACCC
1211	4.78e-13	ATATTGTGGC	TGTACCCTAAAAGTACCCTAATGTTTTTT	AGTACTTTTC
142	5.74e-13	AACGAGCCTC	TGAACCCTTAACAAACCCTAAACTTGTCG	AATCGTCGGC
471	4.06e-11	CATTGTTCAA	GGGCGCACTTACATACCAAAATGGTATCG	TGCTAAAACC

Motif CCTWTWAMWAAGGKAGNWHTGRHGAAAC

Start	P-value		Site
1067	3.13e-15	AAATTTGCTA	CCTTTGAAAAAGGTAGGTCTGGCGAAGC	CAGACATTTC
1904	2.94e-12	AGATCAGGCA	CCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAG	TAATTAAAGC
359	9.47e-12	CATAAACCAC	CCCATAAATCAGGGACATCTGAAGAAAC	TCAGAATTAA
1704	1.88e-11	CATAAAAAGG	CCTATTACAAATGGCGTATTGATGAGAC	GTACATCAAA

Motif YGHYRRHWTWWTTGCTWACGYTAT

Start	P-value		Site
174	4.61e-12	CTTGTCGAAT	CGTCGGCTTAATAGCTCACGCTAT	GCCGACATTC
2592	2.31e-10	AATTATCAAA	TGACGCAAAAATTGCTTACGCTAT	CTTACGTGAT
1259	2.31e-10	CAATAAAAAA	CGCTAGCTTTTTCGCTAACGTTTT	AAAAAGAATA
3098	5.33e-10	CGAAGTTTGA	TGATGAAGTTATTGGTTACGCTAT	ACAATATGCT
2318	5.60e-09	AGCACAACTA	CGCCAATAGTTGTGCTAAGGTAAT	AAAACGTTGT

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	e_value	bit_score
pORI00000323	100.0	3677	0	0	1	3677	1	3677	0.0	6791
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pORI00000276	82.653	98	12	4	468	563	481	387	5.96e-16	82
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