RefSeq NC_019146
DoriC accession number pORI00000099
OriC length 980 nt
OriC AT content 0.6663
The location of oriC region 1097..2076 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
CTTAAAAGCTAGCGTTTTTTATGTATTTTTGCCCCTGCGGGAACTATAGCGTTCAACCAGCATGGTTGCCCAGTTTTTATGCCAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTCTCAAAAATTCGACACTGGTTTTGCTCAAATTTTAATTGGTGTAATTAAAATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTATATACGTTTTTAGGTATAAAACTATATGATTTACCCCTAATTCTTTAAAATGCCCCCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAAAATTGAGATAGCTTTTTTCTTTCGTACGGTCTGTTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGGAATTCAAAAAAGTTATGGGCTATAAATCTACATCACTTTTTCAAGAATGTAGTAGCAATATTCAAGACAAATTAATTTTTATAACTGCTCGGAATATCTCAAGCCGTTTCTTTAATTTTGAAATAAAAAAATCGACGAAGGTCGATTATGGTTTTTACACGCGTTCTTTTAGAACGCATAAGTGCGCCCTTACGGGATTTAACTAGATTATAACGACGAAAATCAGACCTGTAAAGCGATAACTATTGTGCTAAAGTTTGCTAAAAAGGAGTTTTGAAGTTGAAAAAAACAGAACGTAATTTATTTTCTATTTTCTTATCTTTAGGAAGTCTTTTTGCTATCTTTAGTGGTTTCTTTATTTTGGGCATTGGAATGTTAATTGGTGGAGCAACTTTATTAGCTAAAAGTATTTCTGAAGAATAAAAGCGTTGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGTGCGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAATTATGTTATTGATT
CTTAAAAGCTAGCGTTTTTTATGTATTTTTGCCCCTGCGGGAACTATAGCGTTCAACCAGCATGGTTGCCCAGTTTTTATGCCAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTCTCAAAAATTCGACACTGGTTTTGCTCAAATTTTAATTGGTGTAATTAAAATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAGAGCTTATATACGTTTTTAGGTATAAAACTATATGATTTACCCCTAATTCTTTAAAATGCCCCCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAAAATTGAGATAGCTTTTTTCTTTCGTACGGTCTGTTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGGAATTCAAAAAAGTTATGGGCTATAAATCTACATCACTTTTTCAAGAATGTAGTAGCAATATTCAAGACAAATTAATTTTTATAACTGCTCGGAATATCTCAAGCCGTTTCTTTAATTTTGAAATAAAAAAATCGACGAAGGTCGATTATGGTTTTTACACGCGTTCTTTTAGAACGCATAAGTGCGCCCTTACGGGATTTAACTAGATTATAACGACGAAAATCAGACCTGTAAAGCGATAACTATTGTGCTAAAGTTTGCTAAAAAGGAGTTTTGAAGTTGAAAAAAACAGAACGTAATTTATTTTCTATTTTCTTATCTTTAGGAAGTCTTTTTGCTATCTTTAGTGGTTTCTTTATTTTGGGCATTGGAATGTTAATTGGTGGAGCAACTTTATTAGCTAAAAGTATTTCTGAAGAATAAAAGCGTTGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGTGCGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAATTATGTTATTGATT

AT-rich region
The information of repeat sequences

Motif TRCCCC

StartP-valueSite
2553.50e-05TTCTTTAAAATGCCCCCTTAAAATTC
303.50e-05TATGTATTTTTGCCCCTGCGGGAACT
2979.56e-05AAATAAAAGCTACCCCAAAATTGAGA
2369.56e-05CTATATGATTTACCCCTAATTCTTTA
5531.37e-04AACGCATAAGTGCGCCCTTACGGGAT

Motif GCSDTDDCDWKARCKWTKAAVYARAMWDDTHGACVARTKTY

StartP-valueSite
371.04e-16TTTTGCCCCTGCGGGAACTATAGCGTTCAACCAGCATGGTTGCCCAGTTTTTATGCCAATT
8301.56e-15AATTTATTGTGCGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGT
8712.25e-15GACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTA
4732.27e-14AATATCTCAAGCCGTTTCTTTAATTTTGAAATAAAAAAATCGACGAAGGTCGATTATGGTT

Motif KGSATTKDAMDVGGTWNYGWCGMWVAAADTCAAWAMWGKWATKGG

StartP-valueSite
9121.02e-16GACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAA
3451.25e-16CTGTTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGGAATTCAAAAAAGTTATGGGCTATAAATCT
961.42e-15TTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTCTCAAAAATTCGACACTGGTTTTGCTCAAATTTTA
5641.76e-15GCGCCCTTACGGGATTTAACTAGATTATAACGACGAAAATCAGACCTGTAAAGCGATAACTATTG

The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
pORI00000099 100.0 980 0 0 1 980 1 980 0.0 1810
pORI00000232 96.118 644 19 6 1 641 1 641 0.0 1046
pORI00000232 98.204 167 3 0 800 966 967 1133 0.0 292
pORI00000203 95.223 649 27 3 1 645 1 649 0.0 1024
pORI00000203 98.182 165 2 1 802 966 689 852 0.0 287
pORI00000230 90.722 291 26 1 1 290 1 291 0.0 387
pORI00000230 98.182 165 2 1 802 966 731 894 0.0 287
pORI00000230 97.973 148 2 1 496 642 484 631 0.0 255
pORI00000145 90.476 294 22 4 1 290 1 292 0.0 383
pORI00000145 98.204 167 3 0 802 968 702 868 0.0 292
pORI00000145 96.622 148 5 0 494 641 454 601 0.0 246
pORI00000206 89.691 291 29 1 1 290 1 291 0.0 370
pORI00000206 98.182 165 2 1 802 966 659 822 0.0 287
pORI00000206 84.0 125 17 3 496 618 500 623 4.29e-27 117
pORI00000024 89.691 291 29 1 1 290 1 291 0.0 370
pORI00000024 98.204 167 2 1 802 968 646 811 0.0 291
pORI00000024 84.0 125 17 3 496 618 487 610 4.29e-27 117
pORI00000274 86.731 309 31 8 1 303 1 305 0.0 335
pORI00000274 98.182 165 2 1 802 966 406 569 0.0 287
pORI00000148 100.0 162 0 0 802 963 301 140 0.0 300
pORI00000277 98.182 165 3 0 802 966 395 559 0.0 289
pORI00000276 97.59 166 3 1 802 966 901 1066 0.0 283
pORI00000201 97.576 165 4 0 802 966 522 686 0.0 283
pORI00000201 90.265 113 11 0 171 283 304 416 1.52e-36 148
pORI00000036 97.516 161 3 1 802 962 269 428 0.0 274
pORI00000186 97.484 159 3 1 804 962 528 371 0.0 270
pORI00000324 93.182 176 11 1 800 974 368 543 0.0 257
pORI00000325 91.477 176 14 1 802 976 164 339 0.0 241
pORI00000360 91.525 177 10 5 802 976 603 776 0.0 239
pORI00000326 92.727 165 12 0 802 966 148 312 0.0 239
pORI00000215 94.771 153 7 1 800 952 612 461 0.0 237
pORI00000327 92.5 160 12 0 808 967 1306 1147 0.0 230
pORI00000323 92.405 158 12 0 805 962 266 109 0.0 226