RefSeq NZ_CP009504.1
DoriC accession number aORI10010379
OriC length 2016 nt
OriC AT content 0.2877
The location of oriC region 3913157..1081 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
TATTTAACTCCAGTTTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTGGTAAACTTAATTTTTTCAGTTCAAATGATAATTACTGTCACCATTGTAGAATTAAATTTAATTTTAAGACACGCTCTAAGATTACTTCCATCTGCAAATTTGCCAGTTACGGCGATTCTGTCAGCAGCTGTATTCAGAGACGTATATTGTTTATAATGTATTTTTATTGTGTGGGATATATATTATTGTGTATAATTTATGACAATTCTATAATACTATTTTGTTATTCAGACATTAAAAACGGTTCGTTTTATTTCGGTACATTAAACTGATTATTAAGAGTATTACTATTTTCGATTTATTTCTTCAAAAATTCCTTTGTTATCTTAATTTGACGAGTGAAATTGCAGTAGAAAACATTGAATCAACAGTTCTAGAAACTAAATCAACAATTCTAAAACAAATCTTTAAAAAAACAATATGATTTGAAAAATATGCAATTTGAATAAAATTTATAAGTTAATATGTAAACATAGCCAATTTTTTATGTATTTACACTCCAGATATATAGTTACTTTTAATGTCTATTCCTTGTTTTCGGCCCAACTGTCTTTATTTATTAAGCAATCGTTTTGTTATCAATGATCTTATTTACATCAAAACGGTTTTCATTTTTAACATATCCTCTTTCGTTTCAGTATAGCCGTTTGTTTACCTCGTATTATTATTCTATACTAAATATTTTTAATCATTCAATGGAAGTGAAGGGGTCCACAATTTTCTGATATTTTTCCATGCGAAAAAGGGGATTTAAAACTGACCTTCAGGGGTGCTGGAATTGTAAATCTTTTATTTTATTGAAACTGAGCTTAATGGTATCGATTTCTTTAGAGGGGTTTTAAGGAACATATCTGTTCCAGTAGAAACAGAGGGGTCTTCACCATAACTATTAATACCGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATACTTTGAAATCAAAGGTTTATATATAACTTTCATCTAAAATTTTGGGTAAAGAAGATCCTGATTACAGGTTTCATCAGGGCTTAAGAGATGCTTTAAAATGCGCAACTCACTCTTCAGTTTATCCCCAGCCTTTTAGGAACAAAAATTTCAGGCATTAACTTTAAGAAACATGCATTTATCTATCCATCTCCCTTTGTAAATCTCTCATCCGTAAGGTTTGACTTATCAAAATTATACAAAAAAACAGGTCAGGTTTCCAGAATTACTGAGAATCAAGAGTGAAAGACATTTCGAAAATTAACAATTACGCCTTTCCATATATCTTTTCCATGTCCGGGTGATATTATGCCTAAACATATTCAGTCTGATGTATTCTGTCTGATATATTCTGTCTGGATAGTGTTCTGAGTCTCCAATATACTCACTTCGAAATAATGAAAATGGTTCAAAAAATCAAAAAATCTTTCAAAATCTGGGTTTAAATGTTTGCAAGTTTTTCCTTTATATGTATTTATGGAAAATTAGTGATATGATTCCTTAAGCAGGACTTTCACTCATTTAAACTGGATACAATAATCGAGACTGGAAAACGGAATTCAAAAATTAAGATTGAAAAACGGACCTGGAAAAACTGAGATTAAAATTTAAAATAAAAAAAAGAAAAAACACATAAATTCATAAGCGTGTGTACATTCATATAATTTCTTTAATTGGTTATTACCTTTGCAGATTTTATCTGTGTATTAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCTAATTGTCCATATAAACCATCTTAAAATCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAATTGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATTTTAACTCGTTACATCTGTAGTATTATAACTTTTATGCGAAGAGGATCATTC
TATTTAACTCCAGTTTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTGGTAAACTTAATTTTTTCAGTTCAAATGATAATTACTGTCACCATTGTAGAATTAAATTTAATTTTAAGACACGCTCTAAGATTACTTCCATCTGCAAATTTGCCAGTTACGGCGATTCTGTCAGCAGCTGTATTCAGAGACGTATATTGTTTATAATGTATTTTTATTGTGTGGGATATATATTATTGTGTATAATTTATGACAATTCTATAATACTATTTTGTTATTCAGACATTAAAAACGGTTCGTTTTATTTCGGTACATTAAACTGATTATTAAGAGTATTACTATTTTCGATTTATTTCTTCAAAAATTCCTTTGTTATCTTAATTTGACGAGTGAAATTGCAGTAGAAAACATTGAATCAACAGTTCTAGAAACTAAATCAACAATTCTAAAACAAATCTTTAAAAAAACAATATGATTTGAAAAATATGCAATTTGAATAAAATTTATAAGTTAATATGTAAACATAGCCAATTTTTTATGTATTTACACTCCAGATATATAGTTACTTTTAATGTCTATTCCTTGTTTTCGGCCCAACTGTCTTTATTTATTAAGCAATCGTTTTGTTATCAATGATCTTATTTACATCAAAACGGTTTTCATTTTTAACATATCCTCTTTCGTTTCAGTATAGCCGTTTGTTTACCTCGTATTATTATTCTATACTAAATATTTTTAATCATTCAATGGAAGTGAAGGGGTCCACAATTTTCTGATATTTTTCCATGCGAAAAAGGGGATTTAAAACTGACCTTCAGGGGTGCTGGAATTGTAAATCTTTTATTTTATTGAAACTGAGCTTAATGGTATCGATTTCTTTAGAGGGGTTTTAAGGAACATATCTGTTCCAGTAGAAACAGAGGGGTCTTCACCATAACTATTAATACCGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATACTTTGAAATCAAAGGTTTATATATAACTTTCATCTAAAATTTTGGGTAAAGAAGATCCTGATTACAGGTTTCATCAGGGCTTAAGAGATGCTTTAAAATGCGCAACTCACTCTTCAGTTTATCCCCAGCCTTTTAGGAACAAAAATTTCAGGCATTAACTTTAAGAAACATGCATTTATCTATCCATCTCCCTTTGTAAATCTCTCATCCGTAAGGTTTGACTTATCAAAATTATACAAAAAAACAGGTCAGGTTTCCAGAATTACTGAGAATCAAGAGTGAAAGACATTTCGAAAATTAACAATTACGCCTTTCCATATATCTTTTCCATGTCCGGGTGATATTATGCCTAAACATATTCAGTCTGATGTATTCTGTCTGATATATTCTGTCTGGATAGTGTTCTGAGTCTCCAATATACTCACTTCGAAATAATGAAAATGGTTCAAAAAATCAAAAAATCTTTCAAAATCTGGGTTTAAATGTTTGCAAGTTTTTCCTTTATATGTATTTATGGAAAATTAGTGATATGATTCCTTAAGCAGGACTTTCACTCATTTAAACTGGATACAATAATCGAGACTGGAAAACGGAATTCAAAAATTAAGATTGAAAAACGGACCTGGAAAAACTGAGATTAAAATTTAAAATAAAAAAAAGAAAAAACACATAAATTCATAAGCGTGTGTACATTCATATAATTTCTTTAATTGGTTATTACCTTTGCAGATTTTATCTGTGTATTAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCTAATTGTCCATATAAACCATCTTAAAATCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAATTGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATTTTAACTCGTTACATCTGTAGTATTATAACTTTTATGCGAAGAGGATCATTC
TATTTAACTCCAGTTTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTGGTAAACTTAATTTTTTCAGTTCAAATGATAATTACTGTCACCATTGTAGAATTAAATTTAATTTTAAGACACGCTCTAAGATTACTTCCATCTGCAAATTTGCCAGTTACGGCGATTCTGTCAGCAGCTGTATTCAGAGACGTATATTGTTTATAATGTATTTTTATTGTGTGGGATATATATTATTGTGTATAATTTATGACAATTCTATAATACTATTTTGTTATTCAGACATTAAAAACGGTTCGTTTTATTTCGGTACATTAAACTGATTATTAAGAGTATTACTATTTTCGATTTATTTCTTCAAAAATTCCTTTGTTATCTTAATTTGACGAGTGAAATTGCAGTAGAAAACATTGAATCAACAGTTCTAGAAACTAAATCAACAATTCTAAAACAAATCTTTAAAAAAACAATATGATTTGAAAAATATGCAATTTGAATAAAATTTATAAGTTAATATGTAAACATAGCCAATTTTTTATGTATTTACACTCCAGATATATAGTTACTTTTAATGTCTATTCCTTGTTTTCGGCCCAACTGTCTTTATTTATTAAGCAATCGTTTTGTTATCAATGATCTTATTTACATCAAAACGGTTTTCATTTTTAACATATCCTCTTTCGTTTCAGTATAGCCGTTTGTTTACCTCGTATTATTATTCTATACTAAATATTTTTAATCATTCAATGGAAGTGAAGGGGTCCACAATTTTCTGATATTTTTCCATGCGAAAAAGGGGATTTAAAACTGACCTTCAGGGGTGCTGGAATTGTAAATCTTTTATTTTATTGAAACTGAGCTTAATGGTATCGATTTCTTTAGAGGGGTTTTAAGGAACATATCTGTTCCAGTAGAAACAGAGGGGTCTTCACCATAACTATTAATACCGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATACTTTGAAATCAAAGGTTTATATATAACTTTCATCTAAAATTTTGGGTAAAGAAGATCCTGATTACAGGTTTCATCAGGGCTTAAGAGATGCTTTAAAATGCGCAACTCACTCTTCAGTTTATCCCCAGCCTTTTAGGAACAAAAATTTCAGGCATTAACTTTAAGAAACATGCATTTATCTATCCATCTCCCTTTGTAAATCTCTCATCCGTAAGGTTTGACTTATCAAAATTATACAAAAAAACAGGTCAGGTTTCCAGAATTACTGAGAATCAAGAGTGAAAGACATTTCGAAAATTAACAATTACGCCTTTCCATATATCTTTTCCATGTCCGGGTGATATTATGCCTAAACATATTCAGTCTGATGTATTCTGTCTGATATATTCTGTCTGGATAGTGTTCTGAGTCTCCAATATACTCACTTCGAAATAATGAAAATGGTTCAAAAAATCAAAAAATCTTTCAAAATCTGGGTTTAAATGTTTGCAAGTTTTTCCTTTATATGTATTTATGGAAAATTAGTGATATGATTCCTTAAGCAGGACTTTCACTCATTTAAACTGGATACAATAATCGAGACTGGAAAACGGAATTCAAAAATTAAGATTGAAAAACGGACCTGGAAAAACTGAGATTAAAATTTAAAATAAAAAAAAGAAAAAACACATAAATTCATAAGCGTGTGTACATTCATATAATTTCTTTAATTGGTTATTACCTTTGCAGATTTTATCTGTGTATTAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCTAATTGTCCATATAAACCATCTTAAAATCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAATTGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATTTTAACTCGTTACATCTGTAGTATTATAACTTTTATGCGAAGAGGATCATTC

ORB     AT-rich region
The information of repeat sequences

Motif STWCATATAAACCATCTTAAAAYCGTACATATTAATTGTCCATATAAACC

StartP-valueSite
19137.08e-28TATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATTTTAACTC
18091.78e-27AAACCTAATTGTCCATATAAACCATCTTAAAATCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATAT
18611.36e-25TATAAACCATCTTCATATAAACCATCTTAAAATTGTACATATTAATTGTCCATATAAACCATCTTCATAT
17549.43e-23TATTACCTTTGCAGATTTTATCTGTGTATTAACCGTACATATTAATTGTCCATATAAACCTAATTGTCCA

Motif TTTTAGTCAACTTCA

StartP-valueSite
806.82e-09TCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTGGTAA
646.82e-09TCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCA
486.82e-09TCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCA
326.82e-09TCAACTTCATTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCA
166.82e-09AACTCCAGTTTTTTAGTCAACTTCATTTTTAGTCA

Motif RAGGGG

StartP-valueSite
9691.30e-05AGTAGAAACAGAGGGGTCTTCACCAT
9311.30e-05GATTTCTTTAGAGGGGTTTTAAGGAA
8652.86e-05AACTGACCTTCAGGGGTGCTGGAATT
8436.20e-05CCATGCGAAAAAGGGGATTTAAAACT
8056.20e-05AATGGAAGTGAAGGGGTCCACAATTT

The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
aORI10010379 100.0 2016 0 0 1 2016 1 2016 0.0 3723
aORI10010379 93.525 139 6 2 1829 1964 1774 1912 0.0 204
aORI10010379 93.525 139 6 2 1774 1912 1829 1964 0.0 204
aORI10010379 92.771 83 3 3 1885 1964 1778 1860 2.59e-27 117
aORI10010379 92.771 83 3 3 1778 1860 1885 1964 2.59e-27 117
aORI10010379 100.0 30 0 0 1933 1962 1774 1803 5.73e-09 57
aORI10010379 100.0 30 0 0 1774 1803 1933 1962 5.73e-09 57
aORI10010378 99.949 1970 1 0 47 2016 15 1984 0.0 3633
aORI10010378 93.525 139 6 2 1829 1964 1742 1880 0.0 204
aORI10010378 93.525 139 6 2 1774 1912 1797 1932 0.0 204
aORI10010378 92.771 83 3 3 1885 1964 1746 1828 2.59e-27 117
aORI10010378 92.771 83 3 3 1778 1860 1853 1932 2.59e-27 117
aORI10010378 100.0 30 0 0 1933 1962 1742 1771 5.73e-09 57
aORI10010378 100.0 30 0 0 1774 1803 1901 1930 5.73e-09 57
aORI10010286 84.13 1046 156 10 376 1417 408 1447 0.0 1003
aORI10010017 81.339 986 157 24 450 1422 1465 494 0.0 776
aORI10010280 78.925 930 145 34 468 1362 636 1549 0.0 584
aORI10010279 78.602 930 149 33 468 1362 631 1545 0.0 569
aORI10010287 76.886 822 177 13 540 1354 455 1270 0.0 453
aORI10010285 74.313 837 181 31 542 1361 575 1394 0.0 324
aORI10010284 74.313 837 181 31 542 1361 575 1394 0.0 324
aORI10010281 74.313 837 181 31 542 1361 575 1394 0.0 324
aORI10010283 74.313 837 180 32 542 1361 575 1393 0.0 322
aORI10010018 74.341 834 179 32 545 1361 1008 193 0.0 322
aORI10010282 74.043 836 185 29 542 1361 617 1436 0.0 313
aORI10010192 92.045 88 7 0 938 1025 733 646 1.55e-29 124
aORI10010192 79.762 168 24 8 1070 1231 634 471 3.35e-26 113
aORI10010376 75.362 276 57 10 816 1086 242 511 5.57e-29 122
aORI10010291 75.362 276 57 10 816 1086 893 1162 5.57e-29 122
aORI10010290 75.362 276 57 10 816 1086 893 1162 5.57e-29 122
aORI10010289 79.213 178 33 4 935 1110 1044 1219 2e-28 121
aORI10010025 79.213 178 33 4 935 1110 1122 947 2e-28 121