DoriC

RefSeq

NC_003552.1

DoriC accession number

aORI10010017

OriC length

1829 nt

OriC AT content

0.696

The location of oriC region

1529..3357 nt

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OriC map

OriC sequences

AAAAGTTATAAAATAACGGATTGAGCGGATTTATATGGACAATTAATATGTACGCCTAATACACAGACAGCATGTGCAAAGTTAATAGCAAATCAAATAAATTTAACAAGCTTGAACGCGTTTTTCTTTTTTTAATCTTAATTTTTCAACCTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTCAACCTTAATTTCCAGTTTCGCTTTTCAACCTTGTTTTGCAATTCCTTTTTTGGCCCTTAATTTTTTTAGTTTTAAACCCTGATTTACAGTCCAAATTATTACATTAAGTTTAACTGCTTGAAAGCCCTGCCTAAAAAAATCATATTATTAATTTTCCATTTGTACGATAATCGAGAAAGTTGTAAATGCGAAATCCAGATTTTGAAAGAGTTTTTTGAAGATATTTTAAACCATTTTCATTATTTCGAAGTTAGTATTTCGTAAATTCAGAACATTGCAGACTGAATATTTTAGACTGAATATTTTAGACTGAATATTTTAGACTGAATATTTTAGATTGAATATTTGAGACTGAACATATTCAGGTATAATATTACCCAGACATGGAAAAGATATATGGGAAGGTGTAATTGTTAATTTTCAAAGTGTCTTTCACTCTTGATTCTCGATAATTCTGGAAACCTAGTTTGTTATTTCGTATTATTTTGATAAGTCAAACCTTATTATGAGAGCTCCACGAAGGAAGATACATAGATAAATGCATGTTTCTTAAAGATAATGCCTGAAATTTTTGTTCCAAACAGATTGGGGGCAAGTTGAAGAGCTGGTTGCGCACTTTATGGTATCTCTTAAGCTCTGATAAAATCTGTATTCGGAATGTTCTTTAGCTAAAATTTTCAATAATAATTGTATATAAGCACATGATTTCAGGGCATATTTGCAGTAGATGCAATGGAAGTACACGGTATTAATAGTTATGGTGAGGACCCCTTTGTTTCCACTGGAATAGTATTTTACCTTAAATATCCCTTGAAGAAATCGAGATCATCAAAATCAGTTTTAAAAAAATAAAACATTAGAATTTCCAGCACCTTTTGAGATCAGTCTTAAATCCCCTTTTTCTAATGGAAGAAAATAGGAGCATTTTAGACCCCTTCACTTCCATTAAACTGCAAAAAATATTTATAATCAGATAATATAGATAAACAAAGAAATGACTTTACTGAAACGAAAGTGGATGTGTTAAAAATAATAACAGTTTTGATGTGAGAGAGATCATTGATAACAATACAATTACTAAAAAAATACAGCTAGTTTGACTGGAAATAAAGAATAGACATCAAAAGTAACTATATTCGTGGAGTGTAAATACATAAAAAATTGGCTCTGTGTATACATTAACTTATAAATTTTATGTTAACTGCATATTTTTCAAAGTCCTATTGTTTTTCTAAAGATTTTTTTTAGACCTGTTAGTTTGGTTCCGGAACTGTTAATCTATATTTGTCTACCTTTGTCTACCATATTATCTACAGTACTATCGTACTATCCTTCGTACTATCTGCTGCAATTTTACTTATCTACCATTACCGTCTACAGTACTACCATCCATCATCCCGTAATATCTACTACAATTTCATTGGTCATCGGTTAAGGAATTTTCTTGCCTGAAGGATATCGATTTTGCACCAAAAGTCGCCTTAAATTTTGTCCTTTTTACATGAAATCGATACCCAGTTCCAACTCTCAATGGGATACAGTTTTTGAGAACTGTTACGAAAATGGAGGCAATTTATCATGATTCCTCACTTAACCGAAGACGCATGACTACAATTTTAATACTCACCATTTTAATCATTTTATACTCTATACTCA

ORB AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif AGACTGAATAT

Start	P-value		Site
494	6.63e-07	TGAATATTTT	AGACTGAATAT	TTTAGATTGA
480	6.63e-07	TGAATATTTT	AGACTGAATAT	TTTAGACTGA
466	6.63e-07	TGAATATTTT	AGACTGAATAT	TTTAGACTGA
452	6.63e-07	AGAACATTGC	AGACTGAATAT	TTTAGACTGA
522	9.53e-07	TGAATATTTG	AGACTGAACAT	ATTCAGGTAT

Motif TTTTCAACCTTRATTTWCART

Start	P-value		Site
169	3.50e-11	TTAGTTTTGT	TTTTCAACCTTAATTTCCAGT	TTCGCTTTTC
195	2.52e-10	CCAGTTTCGC	TTTTCAACCTTGTTTTGCAAT	TCCTTTTTTG
243	5.56e-10	ATTTTTTTAG	TTTTAAACCCTGATTTACAGT	CCAAATTATT
143	7.54e-10	TAATCTTAAT	TTTTCAACCTTAATTTTTAGT	TTTGTTTTTC
603	4.76e-09	TTCAAAGTGT	CTTTCACTCTTGATTCTCGAT	AATTCTGGAA

Motif AACWGMTTGARCGC

Start	P-value		Site
15	4.66e-08	GTTATAAAAT	AACGGATTGAGCGG	ATTTATATGG
753	5.85e-08	TTTTGTTCCA	AACAGATTGGGGGC	AAGTTGAAGA
285	2.08e-07	CATTAAGTTT	AACTGCTTGAAAGC	CCTGCCTAAA
776	3.36e-07	CAAGTTGAAG	AGCTGGTTGCGCAC	TTTATGGTAT
106	3.59e-07	AATAAATTTA	ACAAGCTTGAACGC	GTTTTTCTTT

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	e_value	bit_score
aORI10010017	100.0	1829	0	0	1	1829	1	1829	0.0	3378
aORI10010279	87.158	950	94	12	551	1475	1548	602	0.0	1053
aORI10010280	87.158	950	93	13	551	1475	1552	607	0.0	1051
aORI10010379	81.339	986	157	24	494	1465	1422	450	0.0	776
aORI10010378	81.339	986	157	24	494	1465	1390	418	0.0	776
aORI10010286	79.745	943	173	18	480	1414	1466	534	0.0	667
aORI10010283	75.664	678	139	23	555	1219	1393	729	0.0	315
aORI10010018	75.664	678	139	23	555	1219	193	857	0.0	315
aORI10010285	75.516	678	141	22	555	1219	1394	729	0.0	309
aORI10010284	75.516	678	141	22	555	1219	1394	729	0.0	309
aORI10010281	75.516	678	141	22	555	1219	1394	729	0.0	309
aORI10010282	75.221	678	143	22	555	1219	1436	771	0.0	298
aORI10010192	91.262	103	9	0	878	980	634	736	1.39e-34	141
aORI10010382	81.503	173	28	4	812	982	1362	1192	5.02e-34	139
aORI10010277	80.328	183	30	6	801	980	1289	1468	2.33e-32	134
aORI10010380	81.646	158	26	3	804	960	509	354	1.09e-30	128
aORI10010381	80.347	173	28	5	812	981	1339	1170	3.9e-30	126