RefSeq | NZ_CP009530.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DoriC accession number | aORI10010291 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC length | 2269 nt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC AT content | 0.2512 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The location of oriC region | 4446970..1258 nt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Browse in NCBI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC sequences |
GTGGATAAAGTAAAACCAGTTTTATTTAAAATACTTATGGAATATACCTGCCAAATTACCAAGTAATTTTCATAACAACAGGGAGAGTAAGTATCCAAGATCTAAAAAAGGAATGTATGTTAAAATCTCATAATCATATTAATGTCTGTAATATCTGCTTTAGAGGGAGACACCTATATTTCGAGTGGAGACGTTTTCATAGATCTAGAAGACGCAAATTTCTCAGAACATATAGCTTAGATTTAGTTTAGATTTATAAATTTTTTGAAAATGAATACTTTTTCTGATAGATTGGTTATCAATAAAAAGAATATATTTAATGAATATATAAAATTAAATTTTTTTATATTAAGAAGAACTGTTCTAAAAACAAACTAACCTTTTTAATAATAAAATATATATAGTATTAATTCTATAACAAAACAACATTATTTTACTGATAAACAAAATAAAACTCTATTTTATTTTGCTGCCTAGAATCTCTAATCTCTTTAATGGAAACCATGGGGTCTGGGTGTTATATAAATGTTCCAGTGGAAATGCAGGGGTCTTCTCTCTGTTTTTACTTTTCTCTCTCTGTTTTTTTCTTCCCTAACTTTCTTTAATTTCCTTTCTTTATTTTTCACCTTCTCACTTTTTTCCTTTCCTTGATTTTTATAACTTCCTTTCCTTTTTTAATTTCCTAGCTTTTTCTATTTTTTTTAATTTCCTTAACTTTCTTTAATTTCTCTAATTTCCTAGCTTTTTCTATTTCTTTTATCTATTTCTCACTTTTATAATTCAAAAAATTTTAAATTTACTATTTTTTTAAAGGTTTCTTAACTCTGTATATTTACATAATTTTAATTTTATCTTAAAATTTTTATTCTTTAATTTTATGTAAAAATATTATAATTTTCATAACTTCTTCCATTCGAAAGAAAGGGTTTAAATTCAACCTTCATTGGTTCTGGAATTCATAACTTTTTATCTCAGTTATACTAAGCTAGATAATGTTGGTTTTTTGGTGGATATTTAGGGTCTAAATCTTTTCCAGTGGAAATATGGGGGTCTTTACCATAACAATTAATACGGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATAGCTTAAAATTACTTGCTTATAAACCAATTTCATCCAAAATTTTGATAAAAGAAGATCCGGAATATATATTTTATCTGGCTTGCGAGGTATCTTAACACTTAAGATTCGCCCGCCATTTTATCAGTAATTAGTAGAAAATGAGAGCTTCATGTATTAACTATAAGAAAGATATATCTTCTATCCCTTTCTCCTCATTATCAGGATTCATAGGGTTTTTCATAAAGGTACAAACAATAATGAAGTAAAATCTCAGAAATCCTAAAATAAATTTTAATTCCAGACATCGAGAGTTAAGACTTCGGAATTAAGAGTTTAACCTTTCTCTCTTTCCCTCTTTCCAAAGTCCATTACATGAATCCCATTTACAACTCCCCTAATCCCTTGATGATTATTACAATAATTATTTAAACTTGCTAAACGGCTATTGTAAGATCAATCTAAAGCTTGTCAAGTAGTTGTGGTTATAGTTGTCTAAGCATTTGAAGAGGAAACTCAAAAAAGAAACTCTAAAAAAGACAGCTCTAAAAAACATAACTCGAAAAATGTAGCCAAAAACACAATATTCAATAGATGTGATTCGAGGATTAAGTTGGCTGCAGACTATGAAATTTTTCATGATATCAGGCAGTAGTAAAATGCTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAATACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACGAAAAAATCAATATTAGTATTACAAAAATAAAAATTAAAGTAATTCAAAGAAAAGGTAGACAGAGTTTACCAACCATGTCAATTTATTACATAATTTATTTAGTAAAATTACTGTATCAATTAGTATCAATTAGTTTGACATGAAATGATTTGCATTGTATTAATCATCTGCGTTAGAATTATCTTAATTCCTTAAATGCTTAACATTATAATTTTTATAGAGGATCTTC
GTGGATAAAGTAAAACCAGTTTTATTTAAAATACTTATGGAATATACCTGCCAAATTACCAAGTAATTTTCATAACAACAGGGAGAGTAAGTATCCAAGATCTAAAAAAGGAATGTATGTTAAAATCTCATAATCATATTAATGTCTGTAATATCTGCTTTAGAGGGAGACACCTATATTTCGAGTGGAGACGTTTTCATAGATCTAGAAGACGCAAATTTCTCAGAACATATAGCTTAGATTTAGTTTAGATTTATAAATTTTTTGAAAATGAATACTTTTTCTGATAGATTGGTTATCAATAAAAAGAATATATTTAATGAATATATAAAATTAAATTTTTTTATATTAAGAAGAACTGTTCTAAAAACAAACTAACCTTTTTAATAATAAAATATATATAGTATTAATTCTATAACAAAACAACATTATTTTACTGATAAACAAAATAAAACTCTATTTTATTTTGCTGCCTAGAATCTCTAATCTCTTTAATGGAAACCATGGGGTCTGGGTGTTATATAAATGTTCCAGTGGAAATGCAGGGGTCTTCTCTCTGTTTTTACTTTTCTCTCTCTGTTTTTTTCTTCCCTAACTTTCTTTAATTTCCTTTCTTTATTTTTCACCTTCTCACTTTTTTCCTTTCCTTGATTTTTATAACTTCCTTTCCTTTTTTAATTTCCTAGCTTTTTCTATTTTTTTTAATTTCCTTAACTTTCTTTAATTTCTCTAATTTCCTAGCTTTTTCTATTTCTTTTATCTATTTCTCACTTTTATAATTCAAAAAATTTTAAATTTACTATTTTTTTAAAGGTTTCTTAACTCTGTATATTTACATAATTTTAATTTTATCTTAAAATTTTTATTCTTTAATTTTATGTAAAAATATTATAATTTTCATAACTTCTTCCATTCGAAAGAAAGGGTTTAAATTCAACCTTCATTGGTTCTGGAATTCATAACTTTTTATCTCAGTTATACTAAGCTAGATAATGTTGGTTTTTTGGTGGATATTTAGGGTCTAAATCTTTTCCAGTGGAAATATGGGGGTCTTTACCATAACAATTAATACGGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATAGCTTAAAATTACTTGCTTATAAACCAATTTCATCCAAAATTTTGATAAAAGAAGATCCGGAATATATATTTTATCTGGCTTGCGAGGTATCTTAACACTTAAGATTCGCCCGCCATTTTATCAGTAATTAGTAGAAAATGAGAGCTTCATGTATTAACTATAAGAAAGATATATCTTCTATCCCTTTCTCCTCATTATCAGGATTCATAGGGTTTTTCATAAAGGTACAAACAATAATGAAGTAAAATCTCAGAAATCCTAAAATAAATTTTAATTCCAGACATCGAGAGTTAAGACTTCGGAATTAAGAGTTTAACCTTTCTCTCTTTCCCTCTTTCCAAAGTCCATTACATGAATCCCATTTACAACTCCCCTAATCCCTTGATGATTATTACAATAATTATTTAAACTTGCTAAACGGCTATTGTAAGATCAATCTAAAGCTTGTCAAGTAGTTGTGGTTATAGTTGTCTAAGCATTTGAAGAGGAAACTCAAAAAAGAAACTCTAAAAAAGACAGCTCTAAAAAACATAACTCGAAAAATGTAGCCAAAAACACAATATTCAATAGATGTGATTCGAGGATTAAGTTGGCTGCAGACTATGAAATTTTTCATGATATCAGGCAGTAGTAAAATGCTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAATACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACGAAAAAATCAATATTAGTATTACAAAAATAAAAATTAAAGTAATTCAAAGAAAAGGTAGACAGAGTTTACCAACCATGTCAATTTATTACATAATTTATTTAGTAAAATTACTGTATCAATTAGTATCAATTAGTTTGACATGAAATGATTTGCATTGTATTAATCATCTGCGTTAGAATTATCTTAATTCCTTAAATGCTTAACATTATAATTTTTATAGAGGATCTTC
GTGGATAAAGTAAAACCAGTTTTATTTAAAATACTTATGGAATATACCTGCCAAATTACCAAGTAATTTTCATAACAACAGGGAGAGTAAGTATCCAAGATCTAAAAAAGGAATGTATGTTAAAATCTCATAATCATATTAATGTCTGTAATATCTGCTTTAGAGGGAGACACCTATATTTCGAGTGGAGACGTTTTCATAGATCTAGAAGACGCAAATTTCTCAGAACATATAGCTTAGATTTAGTTTAGATTTATAAATTTTTTGAAAATGAATACTTTTTCTGATAGATTGGTTATCAATAAAAAGAATATATTTAATGAATATATAAAATTAAATTTTTTTATATTAAGAAGAACTGTTCTAAAAACAAACTAACCTTTTTAATAATAAAATATATATAGTATTAATTCTATAACAAAACAACATTATTTTACTGATAAACAAAATAAAACTCTATTTTATTTTGCTGCCTAGAATCTCTAATCTCTTTAATGGAAACCATGGGGTCTGGGTGTTATATAAATGTTCCAGTGGAAATGCAGGGGTCTTCTCTCTGTTTTTACTTTTCTCTCTCTGTTTTTTTCTTCCCTAACTTTCTTTAATTTCCTTTCTTTATTTTTCACCTTCTCACTTTTTTCCTTTCCTTGATTTTTATAACTTCCTTTCCTTTTTTAATTTCCTAGCTTTTTCTATTTTTTTTAATTTCCTTAACTTTCTTTAATTTCTCTAATTTCCTAGCTTTTTCTATTTCTTTTATCTATTTCTCACTTTTATAATTCAAAAAATTTTAAATTTACTATTTTTTTAAAGGTTTCTTAACTCTGTATATTTACATAATTTTAATTTTATCTTAAAATTTTTATTCTTTAATTTTATGTAAAAATATTATAATTTTCATAACTTCTTCCATTCGAAAGAAAGGGTTTAAATTCAACCTTCATTGGTTCTGGAATTCATAACTTTTTATCTCAGTTATACTAAGCTAGATAATGTTGGTTTTTTGGTGGATATTTAGGGTCTAAATCTTTTCCAGTGGAAATATGGGGGTCTTTACCATAACAATTAATACGGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATAGCTTAAAATTACTTGCTTATAAACCAATTTCATCCAAAATTTTGATAAAAGAAGATCCGGAATATATATTTTATCTGGCTTGCGAGGTATCTTAACACTTAAGATTCGCCCGCCATTTTATCAGTAATTAGTAGAAAATGAGAGCTTCATGTATTAACTATAAGAAAGATATATCTTCTATCCCTTTCTCCTCATTATCAGGATTCATAGGGTTTTTCATAAAGGTACAAACAATAATGAAGTAAAATCTCAGAAATCCTAAAATAAATTTTAATTCCAGACATCGAGAGTTAAGACTTCGGAATTAAGAGTTTAACCTTTCTCTCTTTCCCTCTTTCCAAAGTCCATTACATGAATCCCATTTACAACTCCCCTAATCCCTTGATGATTATTACAATAATTATTTAAACTTGCTAAACGGCTATTGTAAGATCAATCTAAAGCTTGTCAAGTAGTTGTGGTTATAGTTGTCTAAGCATTTGAAGAGGAAACTCAAAAAAGAAACTCTAAAAAAGACAGCTCTAAAAAACATAACTCGAAAAATGTAGCCAAAAACACAATATTCAATAGATGTGATTCGAGGATTAAGTTGGCTGCAGACTATGAAATTTTTCATGATATCAGGCAGTAGTAAAATGCTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAATACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTAAATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACGAAAAAATCAATATTAGTATTACAAAAATAAAAATTAAAGTAATTCAAAGAAAAGGTAGACAGAGTTTACCAACCATGTCAATTTATTACATAATTTATTTAGTAAAATTACTGTATCAATTAGTATCAATTAGTTTGACATGAAATGATTTGCATTGTATTAATCATCTGCGTTAGAATTATCTTAATTCCTTAAATGCTTAACATTATAATTTTTATAGAGGATCTTC
ORB
AT-rich region
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The information of repeat sequences |
Motif ATTAAAAACGTTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACAC
Motif TTYYAGTGGAAATWWAGGGKTY
Motif YYTTWMYTTYTTTAMTTTCCTWKCTTTTT
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The result of BLAST |
Download
|