RefSeq | NZ_CP009526.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DoriC accession number | aORI10010289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC length | 2165 nt | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC AT content | 0.2624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The location of oriC region | 4873771..1120 nt | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Browse in NCBI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC map | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OriC sequences |
GTGGATAAAGTAAAACCAATTTTATTTAAAATACTTATGGAATATAACTCTAAATTAGCAAGTAACTCTCCTAACGATGCATCAGAATCTCCTAATGCACATCAGAAGAGACTAACTTTCGGCAAGTGATTAAAAGTATTAGAAAGTTAAAAAAGTTCCACAAAAAAGTTATGTGAGCAGTAATAGGGTGAGGAAGTATACAAGATCTAAAAAAAGGACTGTATGTTAAGGTATCATAATTGCATTAATGTCTGCTTTAGAGGGAGACCCCTATATTTCGACTGGAGAGATTTTTATAGGTTCAGAAAATGTAAATTTCTCAGAACATGTAATTTAGATTTCTCAATTTTTTGAAAATCATACTTTTTCTGATAGATTGAGTATCAATAAAAACTCAAAATAAAAATATTCAATGAAAATATTAAATCAAATTTTTTACTATTAAGAAAAGCTTCTCTAAAAACAAACTAACTTTTTTAATAATAACATATATATAGTATTAATTCTATAACCAAACAACATTATTTTACCAATAAACAAAATAAAATTTTATTTTATTTTACTGCCTTGGATCTTGAATCTCTTTAATGGAAATCATGGGGTCTGGGGGTTATATAAACTTTCCAGTGGAAATACAGGGGTCTACTTTTTGTTTTTACTTTTCTCTTTGTGTTTTTTTCCCTAACTTCTCCATTATTCCAAACTTCTCCATTATTCCAAACTTTCTTAAATTTCCTAGCTTTTTCTGTTTTCTTTATCTTTTCTCACTTACTCAATGCAAACAATCTCAAATTTAAAAATCACTCTAAAGATTGCTCTAAAGTTGTCTCAACTTTGTAAACTTATTTGTTCACAGGGATTTTATTCACATAATTCTAATTTTATCTTAAAATTTTTATTTTTTAATTTTATGTAAAAATATTATAATTTTCATAACTTATTCCATTCGAAAGAAAGGGTTTAAATTTAACCTACATTGGTTCTGGAACTCATAATTTTTTGTTTCAGCTATAATAAGCTAGAGAACATTGGTTTTTATGGCAGGTATTTAAGGTATAAATCTTTTCCAGTGGAAATACAGGGGTCTTTACCATAACAATTAATACGGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATGACTTAAAATTACTTGCTTATAAACCAATTTTACCTAAAATTTTAACAAAAGAAGATCGGGAATATAGATTTTATCTGGCTTGCGAGGTATCTTAATACTTAAGACTCGCCCGCAATTTTATCAGCAATTAGTAGAAAATGAGAGTTTCAGGCATTAACTATAAGAAAGATGTATCTTCTACCCCTTTCTCCTTATTAGCGGAATTTATAGGGTTTTTCATAAAGGTACAAACAATAATGAAGTAAAATTTTAGAAATCCTAAAATAAACTTTAGTTCCAGATATTGAGAGTTAAGACTTCGGAATTAAGAGTTTAACCTTTTCCCCTCTTTCTCTCTTTCCAAATACCCTTACATTAACCCCCATTTATAACCCTCTAAAATCCTTTGATGACTATTACAATAATGACCATTACAATAATTATTGAAACCCGCTAAAAGGTTATTATGTATTCAGTCTAAAATTTATCAAGCAGTTGTGGTTATAATTGTGCAACCATTTGAAAAGGAAAATCTAAAACATAACTCTAAAAACGTAGCTCTAAATACGTAATATTTAATAGATGTAGATTCGGAGGATTAAATTGGTTGCAGACTATTAAAATTCCTCCTGATTTCAGGTAGTAGTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACATTTAAAAAACAGAGTTTATCAACTGTATTAATTTATTATATATAATTTGCATAGTAATATTACTATCAATTAGTTTGACGTGCAATGGTTCACATTATATTAATTATCTACGTTAGAAGTATCTTAATTCCTTAATTCCTTAAATGCCTAATATCATAATTTTTATAGAGGATTTTC
GTGGATAAAGTAAAACCAATTTTATTTAAAATACTTATGGAATATAACTCTAAATTAGCAAGTAACTCTCCTAACGATGCATCAGAATCTCCTAATGCACATCAGAAGAGACTAACTTTCGGCAAGTGATTAAAAGTATTAGAAAGTTAAAAAAGTTCCACAAAAAAGTTATGTGAGCAGTAATAGGGTGAGGAAGTATACAAGATCTAAAAAAAGGACTGTATGTTAAGGTATCATAATTGCATTAATGTCTGCTTTAGAGGGAGACCCCTATATTTCGACTGGAGAGATTTTTATAGGTTCAGAAAATGTAAATTTCTCAGAACATGTAATTTAGATTTCTCAATTTTTTGAAAATCATACTTTTTCTGATAGATTGAGTATCAATAAAAACTCAAAATAAAAATATTCAATGAAAATATTAAATCAAATTTTTTACTATTAAGAAAAGCTTCTCTAAAAACAAACTAACTTTTTTAATAATAACATATATATAGTATTAATTCTATAACCAAACAACATTATTTTACCAATAAACAAAATAAAATTTTATTTTATTTTACTGCCTTGGATCTTGAATCTCTTTAATGGAAATCATGGGGTCTGGGGGTTATATAAACTTTCCAGTGGAAATACAGGGGTCTACTTTTTGTTTTTACTTTTCTCTTTGTGTTTTTTTCCCTAACTTCTCCATTATTCCAAACTTCTCCATTATTCCAAACTTTCTTAAATTTCCTAGCTTTTTCTGTTTTCTTTATCTTTTCTCACTTACTCAATGCAAACAATCTCAAATTTAAAAATCACTCTAAAGATTGCTCTAAAGTTGTCTCAACTTTGTAAACTTATTTGTTCACAGGGATTTTATTCACATAATTCTAATTTTATCTTAAAATTTTTATTTTTTAATTTTATGTAAAAATATTATAATTTTCATAACTTATTCCATTCGAAAGAAAGGGTTTAAATTTAACCTACATTGGTTCTGGAACTCATAATTTTTTGTTTCAGCTATAATAAGCTAGAGAACATTGGTTTTTATGGCAGGTATTTAAGGTATAAATCTTTTCCAGTGGAAATACAGGGGTCTTTACCATAACAATTAATACGGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATGACTTAAAATTACTTGCTTATAAACCAATTTTACCTAAAATTTTAACAAAAGAAGATCGGGAATATAGATTTTATCTGGCTTGCGAGGTATCTTAATACTTAAGACTCGCCCGCAATTTTATCAGCAATTAGTAGAAAATGAGAGTTTCAGGCATTAACTATAAGAAAGATGTATCTTCTACCCCTTTCTCCTTATTAGCGGAATTTATAGGGTTTTTCATAAAGGTACAAACAATAATGAAGTAAAATTTTAGAAATCCTAAAATAAACTTTAGTTCCAGATATTGAGAGTTAAGACTTCGGAATTAAGAGTTTAACCTTTTCCCCTCTTTCTCTCTTTCCAAATACCCTTACATTAACCCCCATTTATAACCCTCTAAAATCCTTTGATGACTATTACAATAATGACCATTACAATAATTATTGAAACCCGCTAAAAGGTTATTATGTATTCAGTCTAAAATTTATCAAGCAGTTGTGGTTATAATTGTGCAACCATTTGAAAAGGAAAATCTAAAACATAACTCTAAAAACGTAGCTCTAAATACGTAATATTTAATAGATGTAGATTCGGAGGATTAAATTGGTTGCAGACTATTAAAATTCCTCCTGATTTCAGGTAGTAGTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACATTTAAAAAACAGAGTTTATCAACTGTATTAATTTATTATATATAATTTGCATAGTAATATTACTATCAATTAGTTTGACGTGCAATGGTTCACATTATATTAATTATCTACGTTAGAAGTATCTTAATTCCTTAATTCCTTAAATGCCTAATATCATAATTTTTATAGAGGATTTTC
GTGGATAAAGTAAAACCAATTTTATTTAAAATACTTATGGAATATAACTCTAAATTAGCAAGTAACTCTCCTAACGATGCATCAGAATCTCCTAATGCACATCAGAAGAGACTAACTTTCGGCAAGTGATTAAAAGTATTAGAAAGTTAAAAAAGTTCCACAAAAAAGTTATGTGAGCAGTAATAGGGTGAGGAAGTATACAAGATCTAAAAAAAGGACTGTATGTTAAGGTATCATAATTGCATTAATGTCTGCTTTAGAGGGAGACCCCTATATTTCGACTGGAGAGATTTTTATAGGTTCAGAAAATGTAAATTTCTCAGAACATGTAATTTAGATTTCTCAATTTTTTGAAAATCATACTTTTTCTGATAGATTGAGTATCAATAAAAACTCAAAATAAAAATATTCAATGAAAATATTAAATCAAATTTTTTACTATTAAGAAAAGCTTCTCTAAAAACAAACTAACTTTTTTAATAATAACATATATATAGTATTAATTCTATAACCAAACAACATTATTTTACCAATAAACAAAATAAAATTTTATTTTATTTTACTGCCTTGGATCTTGAATCTCTTTAATGGAAATCATGGGGTCTGGGGGTTATATAAACTTTCCAGTGGAAATACAGGGGTCTACTTTTTGTTTTTACTTTTCTCTTTGTGTTTTTTTCCCTAACTTCTCCATTATTCCAAACTTCTCCATTATTCCAAACTTTCTTAAATTTCCTAGCTTTTTCTGTTTTCTTTATCTTTTCTCACTTACTCAATGCAAACAATCTCAAATTTAAAAATCACTCTAAAGATTGCTCTAAAGTTGTCTCAACTTTGTAAACTTATTTGTTCACAGGGATTTTATTCACATAATTCTAATTTTATCTTAAAATTTTTATTTTTTAATTTTATGTAAAAATATTATAATTTTCATAACTTATTCCATTCGAAAGAAAGGGTTTAAATTTAACCTACATTGGTTCTGGAACTCATAATTTTTTGTTTCAGCTATAATAAGCTAGAGAACATTGGTTTTTATGGCAGGTATTTAAGGTATAAATCTTTTCCAGTGGAAATACAGGGGTCTTTACCATAACAATTAATACGGTGTACTTCCATTGGATCTACTGCAAATATGACTTAAAATTACTTGCTTATAAACCAATTTTACCTAAAATTTTAACAAAAGAAGATCGGGAATATAGATTTTATCTGGCTTGCGAGGTATCTTAATACTTAAGACTCGCCCGCAATTTTATCAGCAATTAGTAGAAAATGAGAGTTTCAGGCATTAACTATAAGAAAGATGTATCTTCTACCCCTTTCTCCTTATTAGCGGAATTTATAGGGTTTTTCATAAAGGTACAAACAATAATGAAGTAAAATTTTAGAAATCCTAAAATAAACTTTAGTTCCAGATATTGAGAGTTAAGACTTCGGAATTAAGAGTTTAACCTTTTCCCCTCTTTCTCTCTTTCCAAATACCCTTACATTAACCCCCATTTATAACCCTCTAAAATCCTTTGATGACTATTACAATAATGACCATTACAATAATTATTGAAACCCGCTAAAAGGTTATTATGTATTCAGTCTAAAATTTATCAAGCAGTTGTGGTTATAATTGTGCAACCATTTGAAAAGGAAAATCTAAAACATAACTCTAAAAACGTAGCTCTAAATACGTAATATTTAATAGATGTAGATTCGGAGGATTAAATTGGTTGCAGACTATTAAAATTCCTCCTGATTTCAGGTAGTAGTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAACACTTAAAATTAAAAACATTTAAAAAACAGAGTTTATCAACTGTATTAATTTATTATATATAATTTGCATAGTAATATTACTATCAATTAGTTTGACGTGCAATGGTTCACATTATATTAATTATCTACGTTAGAAGTATCTTAATTCCTTAATTCCTTAAATGCCTAATATCATAATTTTTATAGAGGATTTTC
ORB
AT-rich region
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The information of repeat sequences |
Motif AACACTTAAAATTAAAAACACTTAAAATT
Motif YTTTYYAGTGGAAATAMWGGGGTY
Motif CYTGCAWTGGWTC
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The result of BLAST |
Download
|