RefSeq NC_018642.1
Accession number NC_018642.1
DoriC accession number ORI96010311
OriC length 504 nt
OriC AT content 0.688492
The location of oriC region 2912161..318 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif TGTGGATAACY

StartP-valueSite
1171.48e-07ACCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTA
2512.07e-07GTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACA
4525.73e-07TTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATC
865.73e-07TTCCGGAAAGTGTGGATAACTAGTTAATAAC
4201.08e-06TTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGG

Motif TTAYACACAA

StartP-valueSite
2201.40e-06ACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACA
1671.40e-06TAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGG
2314.86e-06TACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGC
1464.86e-06TAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTA
3757.37e-06AAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTA

Motif AGSKGGGG

StartP-valueSite
4921.41e-06TACATAAAAAAGGGGGGGTACTA
3574.88e-06ATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAG
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96010311 100.0 504 0 0 1 504 1 504 0.0 931
ORI96010283 99.802 504 1 0 1 504 1 504 0.0 926
ORI96010281 99.802 505 0 1 1 504 1 505 0.0 926
ORI96010189 99.802 505 0 1 1 504 1 505 0.0 926
ORI93010531 99.802 505 0 1 1 504 1 505 0.0 926
ORI10010037 99.802 505 0 1 1 504 1 505 0.0 926
ORI96010293 99.604 505 1 1 1 504 1 505 0.0 920
ORI96010285 99.604 505 1 1 1 504 1 505 0.0 920
ORI96010279 99.604 505 1 1 1 504 1 505 0.0 920
ORI96010295 97.233 506 10 4 1 504 1 504 0.0 854
ORI96010133 97.233 506 10 4 1 504 1 504 0.0 854
ORI96010130 97.233 506 10 4 1 504 1 504 0.0 854
ORI96010125 97.233 506 10 4 1 504 1 504 0.0 854
ORI92710462 97.233 506 10 4 1 504 504 1 0.0 854
ORI96010297 97.036 506 11 4 1 504 1 504 0.0 848
ORI96010139 97.036 506 11 4 1 504 1 504 0.0 848
ORI96010291 97.036 506 10 5 1 504 1 503 0.0 846
ORI96010289 96.838 506 12 4 1 504 1 504 0.0 843
ORI96010287 96.838 506 12 4 1 504 1 504 0.0 843
ORI96010137 96.838 506 12 4 1 504 206 709 0.0 843
ORI96010135 96.838 506 12 4 1 504 1 504 0.0 843
ORI93010634 96.838 506 12 4 1 504 504 1 0.0 843
ORI93010632 96.838 506 12 4 1 504 504 1 0.0 843
ORI10010048 96.838 506 12 4 1 504 1 504 0.0 843
ORI10010050 95.079 508 19 5 1 504 1 506 0.0 795
ORI50010245 93.097 507 29 6 1 504 1 504 0.0 737
ORI95010923 90.927 507 39 7 2 504 1 504 0.0 675
ORI93010644 90.177 509 42 8 1 504 1 506 0.0 656