RefSeq NC_003212.1
Accession number NC_003212.1
DoriC accession number ORI10010050
OriC length 506 nt
OriC AT content 0.683794
The location of oriC region 3011021..318 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaa
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATCTTTTGTCTTTTTTTTGGTATTCTGCTAAATAGTTTAACACATTGTCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAACGGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCATTTACATTACACAAAAAAGGGGGGTTACTAdnaA
5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif TGTGGATAACYTT

StartP-valueSite
1182.27e-08GGCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTATTTAAGT
2534.54e-08GTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATC
4541.01e-07TTTTTCTATCTGTGGATAACTTTAGAGCATCCA
4222.11e-07TTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGGCT
4006.45e-07ATTTTCACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGT

Motif AKTTAYACACA

StartP-valueSite
2317.44e-07TTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGG
1661.70e-06ATTAGTGGTTATTTACACACATTGACTTGTG
1452.21e-06TTAAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTT
3752.77e-06GGAAAAATAAAGTTATCCACAATACATTTTC
2204.85e-06TTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACAC

Motif TGTGGATARWT

StartP-valueSite
2863.87e-07TGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTC
872.44e-06TCCCAGAAAGTGTGGATAAGTAGTTAATAAC
1834.02e-06CACATTGACTTGTGGATAATTAATTCTAACA
3621.12e-05GAAATATAGCTGGGGAAAAATAAAGTTATCC
2741.36e-05GTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAG
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI10010050 100.0 506 0 0 1 506 1 506 0.0 935
ORI50010245 95.652 506 20 2 1 506 1 504 0.0 811
ORI96010293 95.472 508 18 4 1 506 1 505 0.0 806
ORI96010285 95.472 508 18 4 1 506 1 505 0.0 806
ORI96010279 95.472 508 18 4 1 506 1 505 0.0 806
ORI96010283 95.276 508 18 5 1 506 1 504 0.0 800
ORI96010281 95.276 508 19 4 1 506 1 505 0.0 800
ORI96010189 95.276 508 19 4 1 506 1 505 0.0 800
ORI93010531 95.276 508 19 4 1 506 1 505 0.0 800
ORI10010037 95.276 508 19 4 1 506 1 505 0.0 800
ORI96010311 95.079 508 19 5 1 506 1 504 0.0 795
ORI96010130 95.069 507 21 3 1 506 1 504 0.0 795
ORI96010125 95.069 507 21 3 1 506 1 504 0.0 795
ORI92710462 95.069 507 21 3 1 506 504 1 0.0 795
ORI96010291 94.872 507 21 4 1 506 1 503 0.0 787
ORI96010295 94.488 508 22 6 1 506 1 504 0.0 778
ORI96010289 94.488 508 22 6 1 506 1 504 0.0 778
ORI96010287 94.488 508 22 6 1 506 1 504 0.0 778
ORI96010137 94.488 508 22 6 1 506 206 709 0.0 778
ORI96010135 94.488 508 22 6 1 506 1 504 0.0 778
ORI96010133 94.488 508 22 6 1 506 1 504 0.0 778
ORI93010634 94.488 508 22 6 1 506 504 1 0.0 778
ORI93010632 94.488 508 22 6 1 506 504 1 0.0 778
ORI10010048 94.488 508 22 6 1 506 1 504 0.0 778
ORI96010297 94.291 508 23 6 1 506 1 504 0.0 773
ORI96010139 94.291 508 23 6 1 506 1 504 0.0 773
ORI95010923 90.927 507 41 5 2 506 1 504 0.0 676
ORI93010644 90.766 509 41 6 1 506 1 506 0.0 675