RefSeq NC_017544.1
Accession number NC_017544.1
DoriC accession number ORI96010133
OriC length 504 nt
OriC AT content 0.678571
The location of oriC region 2902920..317 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaa
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
-TTTTCACAACCTCATTTATTTGTCTTTTTTTCTTATTCGGTAAATAGTTTAACACATTGGCGCAATGAAATCCTTTCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAACGCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACAATTTCGTTACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTCCTTGCTATCAGAGTGATTTTCTGATATTATAATTCCTGTCGAATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAGCTTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATCCATTTACATTACATAAAAAGGGGGGGTACTAdnaA
5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif TGTGGATAACY

StartP-valueSite
1171.55e-07GCCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTA
2522.22e-07GTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACA
4535.79e-07TTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATC
865.79e-07TCCCAGAAAGTGTGGATAACTCCTGAATAAC
4211.10e-06TTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATAG

Motif TTAYACACAA

StartP-valueSite
2211.51e-06ACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACA
1671.51e-06TAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGG
2325.00e-06TACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGC
1465.00e-06TAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTA
3767.71e-06AAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTA

Motif TGTGGATARTT

StartP-valueSite
3991.64e-06ATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGT
1821.64e-06CACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACA
2853.98e-06TGGACAGTTTTGTGGATAGATTTGGTAAGTC
2738.54e-06GTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAG
3611.08e-05GAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCC
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96010295 100.0 504 0 0 1 504 1 504 0.0 931
ORI96010133 100.0 504 0 0 1 504 1 504 0.0 931
ORI96010297 99.802 504 1 0 1 504 1 504 0.0 926
ORI96010139 99.802 504 1 0 1 504 1 504 0.0 926
ORI96010289 99.603 504 2 0 1 504 1 504 0.0 920
ORI96010287 99.603 504 2 0 1 504 1 504 0.0 920
ORI96010137 99.603 504 2 0 1 504 206 709 0.0 920
ORI96010135 99.603 504 2 0 1 504 1 504 0.0 920
ORI93010634 99.603 504 2 0 1 504 504 1 0.0 920
ORI93010632 99.603 504 2 0 1 504 504 1 0.0 920
ORI10010048 99.603 504 2 0 1 504 1 504 0.0 920
ORI96010281 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI96010189 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI93010531 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI10010037 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI96010311 97.233 506 10 4 1 504 1 504 0.0 854
ORI96010293 97.233 506 11 3 1 504 1 505 0.0 854
ORI96010285 97.233 506 11 3 1 504 1 505 0.0 854
ORI96010279 97.233 506 11 3 1 504 1 505 0.0 854
ORI96010283 97.036 506 11 4 1 504 1 504 0.0 848
ORI96010130 96.45 507 12 5 1 504 1 504 0.0 832
ORI96010125 96.45 507 12 5 1 504 1 504 0.0 832
ORI92710462 96.45 507 12 5 1 504 504 1 0.0 832
ORI96010291 96.252 507 12 6 1 504 1 503 0.0 824
ORI10010050 94.488 508 22 6 1 504 1 506 0.0 778
ORI50010245 92.899 507 30 6 1 504 1 504 0.0 732
ORI95010923 91.304 506 39 5 2 504 1 504 0.0 686
ORI93010644 91.159 509 37 8 1 504 1 506 0.0 684