RefSeq NC_017529.1
Accession number NC_017529.1
DoriC accession number ORI96010125
OriC length 504 nt
OriC AT content 0.688492
The location of oriC region 2979013..318 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif TGTGGATAAC

StartP-valueSite
4529.07e-07TTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCAT
1169.07e-07GTCATTTTTTTGTGGATAACCTTTTAATCT
859.07e-07TTCCAGAAAGTGTGGATAACTCGTTAATAA
2511.28e-06GTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCAC
1813.49e-06CACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAAC

Motif TTAYACACAAK

StartP-valueSite
2202.23e-07ACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACAA
2311.33e-06TACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGCT
1661.33e-06TAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGGA
1452.81e-06TACTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTAA
3754.13e-06AAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTAC

Motif AGSKGGG

StartP-valueSite
4928.11e-06TACATAAAAAAGGGGGGTTACTA
3572.85e-05ATAGAAATATAGCTGGGGAAAACTAAA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96010130 100.0 504 0 0 1 504 1 504 0.0 931
ORI96010125 100.0 504 0 0 1 504 1 504 0.0 931
ORI92710462 100.0 504 0 0 1 504 504 1 0.0 931
ORI96010291 99.802 504 0 1 1 504 1 503 0.0 924
ORI96010293 97.628 506 9 3 1 504 1 505 0.0 865
ORI96010285 97.628 506 9 3 1 504 1 505 0.0 865
ORI96010279 97.628 506 9 3 1 504 1 505 0.0 865
ORI96010283 97.431 506 9 4 1 504 1 504 0.0 859
ORI96010281 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI96010189 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI93010531 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI10010037 97.431 506 10 3 1 504 1 505 0.0 859
ORI96010311 97.233 506 10 4 1 504 1 504 0.0 854
ORI96010295 96.45 507 12 5 1 504 1 504 0.0 832
ORI96010133 96.45 507 12 5 1 504 1 504 0.0 832
ORI96010297 96.252 507 13 5 1 504 1 504 0.0 826
ORI96010139 96.252 507 13 5 1 504 1 504 0.0 826
ORI96010289 96.055 507 14 5 1 504 1 504 0.0 821
ORI96010287 96.055 507 14 5 1 504 1 504 0.0 821
ORI96010137 96.055 507 14 5 1 504 206 709 0.0 821
ORI96010135 96.055 507 14 5 1 504 1 504 0.0 821
ORI93010634 96.055 507 14 5 1 504 504 1 0.0 821
ORI93010632 96.055 507 14 5 1 504 504 1 0.0 821
ORI10010048 96.055 507 14 5 1 504 1 504 0.0 821
ORI10010050 95.069 507 21 3 1 504 1 506 0.0 795
ORI50010245 93.281 506 30 3 1 504 1 504 0.0 743
ORI95010923 90.963 509 35 8 2 504 1 504 0.0 675
ORI93010644 90.039 512 37 11 1 504 1 506 0.0 651