RefSeq NC_012488.1
Accession number NC_012488.1
DoriC accession number ORI93010531
OriC length 505 nt
OriC AT content 0.689109
The location of oriC region 2912504..318 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif TGTGGATAACY

StartP-valueSite
1171.48e-07ACCTTTTTATTGTGGATAACCTTTTCAATTA
2522.07e-07GTTAACTGGCTGTGGACAACCGTTTTTCACA
4535.74e-07TTTTTCTATCTGTGGATAACTTTATAGCATC
865.74e-07TTCCGGAAAGTGTGGATAACTAGTTAATAAC
4211.08e-06TTTAACAGTGTTTGGATAACCTTATCCATGG

Motif TTAYACACAA

StartP-valueSite
2211.41e-06ACAGATTTCTTTACACACAAGTTATACACA
1671.41e-06TAGTGGTTAATTACACACAATGGCTTGTGG
2324.91e-06TACACACAAGTTATACACAAGTTAACTGGC
1464.91e-06TAGTTTAAACTTATACACAATTAGTGGTTA
3767.42e-06AAAACTAAAGTTATCCACAATACATTTTTA

Motif TGTGGATARTT

StartP-valueSite
3991.76e-06ATTTTTACTTTGTGGATAATTTTTTAACAGT
1821.76e-06CACAATGGCTTGTGGATAATTAAATCTAACA
2854.18e-06TGGACAGTTTTGTGGATAGATTTTGTAAGTC
2739.63e-06GTTTTTCACATCTGGACAGTTTTGTGGATAG
3611.11e-05GAAATATAGCTGGGGAAAACTAAAGTTATCC
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96010281 100.0 505 0 0 1 505 1 505 0.0 933
ORI96010189 100.0 505 0 0 1 505 1 505 0.0 933
ORI93010531 100.0 505 0 0 1 505 1 505 0.0 933
ORI10010037 100.0 505 0 0 1 505 1 505 0.0 933
ORI96010293 99.802 505 1 0 1 505 1 505 0.0 928
ORI96010285 99.802 505 1 0 1 505 1 505 0.0 928
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ORI96010311 99.802 505 0 1 1 505 1 504 0.0 926
ORI96010283 99.604 505 1 1 1 505 1 504 0.0 920
ORI96010295 97.431 506 10 3 1 505 1 504 0.0 859
ORI96010133 97.431 506 10 3 1 505 1 504 0.0 859
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ORI96010125 97.431 506 10 3 1 505 1 504 0.0 859
ORI92710462 97.431 506 10 3 1 505 504 1 0.0 859
ORI96010297 97.233 506 11 3 1 505 1 504 0.0 854
ORI96010291 97.233 506 10 4 1 505 1 503 0.0 854
ORI96010139 97.233 506 11 3 1 505 1 504 0.0 854
ORI96010289 97.036 506 12 3 1 505 1 504 0.0 848
ORI96010287 97.036 506 12 3 1 505 1 504 0.0 848
ORI96010137 97.036 506 12 3 1 505 206 709 0.0 848
ORI96010135 97.036 506 12 3 1 505 1 504 0.0 848
ORI93010634 97.036 506 12 3 1 505 504 1 0.0 848
ORI93010632 97.036 506 12 3 1 505 504 1 0.0 848
ORI10010048 97.036 506 12 3 1 505 1 504 0.0 848
ORI10010050 95.276 508 19 4 1 505 1 506 0.0 800
ORI50010245 93.294 507 29 5 1 505 1 504 0.0 743
ORI95010923 91.124 507 39 6 2 505 1 504 0.0 682
ORI93010644 90.373 509 42 7 1 505 1 506 0.0 662