DoriC

RefSeq

NC_017847.1

Accession number

NC_017847.1

DoriC accession number

ORI96010208

OriC length

669 nt

OriC AT content

0.730942

The location of oriC region

3964758..514 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

rpmHATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTCTTATTTAAAAGTTATACACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAAGACTTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTATCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGATTTTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCACAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGTGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCACAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaA

rpmhATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTCTTATTTAAAAGTTATACACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAAGACTTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTATCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGATTTTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCACAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGTGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCACAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaa

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif AKTTATHCACAA

Start	P-value		Site
288	7.17e-08	CATATTTTTT	AGTTATCCACAA	TTTGGATCAG
492	3.30e-07	ATGTGCAAAA	AGTTATTCACAA	TTGATTTTGA
154	7.14e-07	CTTATTTAAA	AGTTATACACAA	AGTAATTGTT
469	9.03e-07	TTATGTGATA	ATTTATCCACAG	GATGTGCAAA
520	1.62e-06	TTGAATTTAA	ATTTATTCACAA	GAGATTTCTT

Motif TGTGGA

Start	P-value		Site
576	1.55e-04	TCATGACAGA	TGTGGA	TAACTTGGGT
448	1.55e-04	CTTTATGGAT	TGTGGA	TAAGTTTATG
371	1.55e-04	GGACTTTTCT	TGTGGA	TTTCACAGTT
358	1.55e-04	TTCTTATTAG	TGTGGA	CTTTTCTTGT
48	2.94e-04	GCGATTTTAT	TGTGCA	ATGTTTACGC

Motif SASCCC

Start	P-value		Site
600	3.61e-05	GTAGAATGGC	GACCCC	TTCTCATCAG
307	3.61e-05	CAATTTGGAT	CAGCCC	TATTAAATAA

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

Download

subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
ORI96010208	100.0	669	0	0	1	669	1	669	1236
ORI96010015	100.0	669	0	0	1	669	669	1	1236
ORI92710458	99.552	670	2	1	1	669	1	670	1219
ORI96010325	99.403	670	3	1	1	669	670	1	1214
ORI92310381	99.403	670	3	1	1	669	1	670	1214
ORI92710456	99.254	670	2	3	1	669	668	1	1206
ORI96010013	99.106	671	3	3	1	669	670	1	1203
ORI92310379	98.51	671	8	2	1	669	1	671	1182
ORI96010089	100.0	615	0	0	55	669	615	1	1136
ORI92510414	99.351	616	3	1	55	669	616	1	1114
ORI95010947	87.116	683	72	8	1	669	1	681	760
ORI93010694	86.861	685	70	12	1	669	1	681	749
ORI10010111	76.984	630	108	30	2	613	2	612	326