DoriC

RefSeq

NC_010410.1

Accession number

NC_010410.1

DoriC accession number

ORI92310381

OriC length

670 nt

OriC AT content

0.726866

The location of oriC region

3935791..169 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

rpmHATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTTCTTATTTAAAAGTTATGCACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAAGACTTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTACCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGGTTTTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCACAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGTGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCACAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaA

rpmhATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTTCTTATTTAAAAGTTATGCACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAAGACTTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTACCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGGTTTTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCACAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGTGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCACAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaa

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif AKTTATYCACAA

Start	P-value		Site
289	7.10e-08	CATATTTTTT	AGTTATCCACAA	TTTGGATCAG
155	1.83e-07	CTTATTTAAA	AGTTATGCACAA	AGTAATTGTT
493	4.05e-07	ATGTGCAAAA	AGTTATTCACAA	TTGATTTTGA
470	8.29e-07	TTATGTGATA	ATTTATCCACAG	GATGTGCAAA
521	1.67e-06	TTGAATTTAA	ATTTATTCACAA	GAGATTTCTT

Motif TGTGGA

Start	P-value		Site
577	1.60e-04	TCATGACAGA	TGTGGA	TAACTTGGGT
449	1.60e-04	CTTTATGGAT	TGTGGA	TAAGTTTATG
372	1.60e-04	GGACTTTTCT	TGTGGA	TTTCACAGTT
359	1.60e-04	TTCTTATTAG	TGTGGA	CTTTTCTTGT
484	3.03e-04	ATCCACAGGA	TGTGCA	AAAAGTTATT

Motif SASCCC

Start	P-value		Site
601	3.74e-05	GTAGAATGGC	GACCCC	TTCTCATCAG
308	3.74e-05	CAATTTGGAT	CAGCCC	TATTAAATAA

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

Download

subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
ORI92310381	100.0	670	0	0	1	670	1	670	1238
ORI92710458	99.851	670	1	0	1	670	1	670	1232
ORI96010325	99.701	670	2	0	1	670	670	1	1227
ORI92710456	99.552	670	1	2	1	670	668	1	1219
ORI96010208	99.403	670	3	1	1	670	1	669	1214
ORI96010015	99.403	670	3	1	1	670	669	1	1214
ORI96010013	99.106	671	4	2	1	670	670	1	1205
ORI92310379	98.51	671	9	1	1	670	1	671	1182
ORI92510414	99.351	616	4	0	55	670	616	1	1116
ORI96010089	99.351	616	3	1	55	670	615	1	1114
ORI95010947	86.969	683	74	8	1	670	1	681	754
ORI93010694	86.715	685	72	12	1	670	1	681	743
ORI10010111	76.508	630	112	29	2	614	2	612	311