DoriC

RefSeq

NC_005966.1

Accession number

NC_005966.1

DoriC accession number

ORI10010111

OriC length

664 nt

OriC AT content

0.698795

The location of oriC region

3598158..200 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

rpmHGTCGAAACTCCCAAATTGATCTATCTATAAAGGTTCGCGATTGTATTGCGCAATCTTTACGCTGTCAATGAAAAACAGGAATCTTTACATTTATTTGACTTTAATTGTTTTAAATGAAATCAACCAAAATTGAAGCAATTCATTTTAAACAAAAGTTATACACAAACTAATTCTTTCAATTTACAATCATTTTTTGTATATTCACAACTTATTCTCAATCTTATCAACAGCTTTATGTTGAATGATACGCTGAATCATGGGATTTGAATTTAAATTCATATCTCGCTAAATTATCCACAAGCTACTCAGGCTTATTAATTAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGGGACGCTTTTTTCTGTGGAATAGTCATTTTTAAATTTAAAAACCATAGATTTATATTGTGGATAACTGTGTTTTTATTTGTTTTATGCTTTGTGGATAACTTTGAGTGATATTTTATCCACAGCATGTGTGAAATCTTATCCACAAGTGGTGTGAATTTAAATTTATTGTGCGAGCGCTTCCTTTTTAAGCAAAATCAAGTGAATCTTTCATGACAGATGTGGATAACTTGGTTAGAATGGCGACCCCTTTCATCTGAGGGGGATGTTGTGGACTATTTTTGAATTTAAAACGGACAGGGGATTCACdnaA

rpmhGTCGAAACTCCCAAATTGATCTATCTATAAAGGTTCGCGATTGTATTGCGCAATCTTTACGCTGTCAATGAAAAACAGGAATCTTTACATTTATTTGACTTTAATTGTTTTAAATGAAATCAACCAAAATTGAAGCAATTCATTTTAAACAAAAGTTATACACAAACTAATTCTTTCAATTTACAATCATTTTTTGTATATTCACAACTTATTCTCAATCTTATCAACAGCTTTATGTTGAATGATACGCTGAATCATGGGATTTGAATTTAAATTCATATCTCGCTAAATTATCCACAAGCTACTCAGGCTTATTAATTAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGGGACGCTTTTTTCTGTGGAATAGTCATTTTTAAATTTAAAAACCATAGATTTATATTGTGGATAACTGTGTTTTTATTTGTTTTATGCTTTGTGGATAACTTTGAGTGATATTTTATCCACAGCATGTGTGAAATCTTATCCACAAGTGGTGTGAATTTAAATTTATTGTGCGAGCGCTTCCTTTTTAAGCAAAATCAAGTGAATCTTTCATGACAGATGTGGATAACTTGGTTAGAATGGCGACCCCTTTCATCTGAGGGGGATGTTGTGGACTATTTTTGAATTTAAAACGGACAGGGGATTCACdnaa

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif KYGMWATHTTATCCACARS

Start	P-value		Site
486	1.51e-10	CACAGCATGT	GTGAAATCTTATCCACAAG	TGGTGTGAAT
463	8.79e-10	ATAACTTTGA	GTGATATTTTATCCACAGC	ATGTGTGAAA
283	1.56e-09	AATTCATATC	TCGCTAAATTATCCACAAG	CTACTCAGGC
213	2.84e-09	CACAACTTAT	TCTCAATCTTATCAACAGC	TTTATGTTGA

Motif TGTGGATAACTTTG

Start	P-value		Site
448	8.54e-09	TTTTATGCTT	TGTGGATAACTTTG	AGTGATATTT
576	2.23e-08	TCATGACAGA	TGTGGATAACTTGG	TTAGAATGGC
414	2.23e-08	AGATTTATAT	TGTGGATAACTGTG	TTTTTATTTG
596	2.67e-07	TTGGTTAGAA	TGGCGACCCCTTTC	ATCTGAGGGG

Motif TGYGSAATCDTWWYNTTTWAAWTTAAAAWCA

Start	P-value		Site
47	1.90e-12	GCGATTGTAT	TGCGCAATCTTTACGCTGTCAATGAAAAACA	GGAATCTTTA
525	1.08e-11	TTAAATTTAT	TGTGCGAGCGCTTCCTTTTTAAGCAAAATCA	AGTGAATCTT
371	2.67e-10	CGCTTTTTTC	TGTGGAATAGTCATTTTTAAATTTAAAAACC	ATAGATTTAT
248	3.09e-10	TTGAATGATA	CGCTGAATCATGGGATTTGAATTTAAATTCA	TATCTCGCTA
159	5.31e-10	ACAAAAGTTA	TACACAAACTAATTCTTTCAATTTACAATCA	TTTTTTGTAT

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
ORI10010111	100.0	664	0	0	1	664	1	664	1227
ORI93010694	80.711	394	62	13	262	648	274	660	294
ORI95010947	80.672	357	57	10	262	612	274	624	267