RefSeq NC_017450.1
Accession number NC_017450.1
DoriC accession number ORI96030525
OriC length 566 nt
OriC AT content 0.798587
The location of oriC region 1913282..228 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif MTKKGRATAAAWWWTTAWMAAATWWATWAACADATWTWTCWACRTDTDTG

StartP-valueSite
2451.71e-16CTTAATAAAAATGTGGATAAAAAATTATCAAATTTATTAACAGATATATTAACATATTTGTGAATAACTT
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3936.48e-15ATTTATTTTTATTGCAATAAAATCTTATCCATTCAATTAATAGTTTTGCCTACATTTGGCTATCCTTTAT

Motif AAASCC

StartP-valueSite
2295.66e-05AAAAAATAAAAAACCCCTTAATAAAA
5541.16e-04AGACGTGGATAAAGCCTATCCAT

Motif AASASRTG

StartP-valueSite
5431.05e-05GTTTGAGTATAAGACGTGGATAAAGCCT
1964.93e-05CGTGGATGAAAACAGATGTATAAGGATG
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96030525 100.0 566 0 0 1 566 1 566 0.0 1046
ORI92210344 96.497 571 13 2 1 566 25 593 0.0 937
ORI92310406 95.23 566 24 2 1 566 1 563 0.0 893
ORI60010251 98.133 482 9 0 1 482 1 482 0.0 841
ORI90010280 96.687 483 13 3 1 482 1 481 0.0 800
ORI96010350 95.893 487 13 2 1 482 1 485 0.0 782
ORI96010349 95.893 487 13 2 1 482 1970 2454 0.0 782
ORI30010222 95.893 487 13 2 1 482 1 485 0.0 782
ORI10010185 95.893 487 13 2 1 482 1 485 0.0 782
ORI96010091 96.11 437 13 2 1 437 1 433 0.0 710
ORI95011019 96.11 437 13 2 1 437 25 457 0.0 710
ORI95011016 96.11 437 13 2 1 437 25 457 0.0 710
ORI30010209 96.11 437 13 2 1 437 1 433 0.0 710
ORI10010137 96.11 437 13 2 1 437 1 433 0.0 710
ORI96010090 88.041 485 53 4 1 482 1 483 0.0 569
ORI96010215 84.186 430 52 15 1 423 1 421 0.0 403
ORI94010886 81.893 486 74 14 1 479 1 479 0.0 398
ORI92310371 80.568 458 70 18 35 482 1 449 0.0 335