RefSeq NC_010336.1
Accession number NC_010336.1
DoriC accession number ORI92310371
OriC length 449 nt
OriC AT content 0.812918
The location of oriC region 895633..896081 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaa
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
-TATAAAGAAAAAATTTTTTTTTTATATTTTTGATTATTTTTCTTTTCTTTATTTATATATAACTTAATTTCTTTTTCTTTATATTATTATTTATTATGTAAATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAAGCTATATAGAGATTACAAATTAGATAGTTTAAAAGAGATGTATAAGTATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAATAATTATATTTGCTTATTTTTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAATTTGTTATGCCAACTATTGGTTATCCTTTTAAATTAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTATTdnaA
5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif GTGGATAA

StartP-valueSite
2131.33e-05GGACAAAAATGTGGATAAACAATTATCA
1121.33e-05ATATTTTTGTGTGGATAACTTGCTGAAA
1871.62e-05ATGTAAAAAAGTGGATGAAATAAACTGG
2011.81e-05ATGAAATAAACTGGACAAAAATGTGGAT
2607.92e-05CAACATATTTGTGAATAAGTTATTTAAC

Motif YAACAAAATTWTCCAC

StartP-valueSite
2381.05e-08TCAAATTTATCAACAAAAGTATCAACATATTTGTGA
3092.33e-08ACAAATTAATTAACATAATTATCCACAGGTTTAAAT
2749.99e-08ATAAGTTATTTAACAACATTCTCCTATATAAATAAA
3633.18e-07TTTTTTATTGCAATAAAATCTTACACATTCAATTAA

Motif KSSRAC

StartP-valueSite
3972.24e-05AATTTGTTATGCCAACTATTGGTTAT
4331.12e-04TAAAGGTTATTGGGACATTTTTTTAT
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI92310371 100.0 449 0 0 1 449 1 449 0.0 830
ORI94010886 87.778 450 48 7 1 446 34 480 0.0 520
ORI96010215 88.018 434 45 5 1 431 34 463 0.0 507
ORI60010251 80.911 461 63 21 1 449 35 482 0.0 340
ORI96030525 80.568 458 70 18 1 449 35 482 0.0 335
ORI96010090 80.652 460 66 17 1 449 36 483 0.0 335
ORI90010280 80.568 458 69 17 1 449 35 481 0.0 335
ORI96010091 80.59 407 58 16 1 399 35 428 0.0 294
ORI95011019 80.59 407 58 16 1 399 59 452 0.0 294
ORI95011016 80.59 407 58 16 1 399 59 452 0.0 294
ORI30010209 80.59 407 58 16 1 399 35 428 0.0 294
ORI10010137 80.59 407 58 16 1 399 35 428 0.0 294