RefSeq NC_017449.1
Accession number NC_017449.1
DoriC accession number ORI96010090
OriC length 483 nt
OriC AT content 0.821946
The location of oriC region 1944972..144 nt
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OriC map
OriC sequences
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5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif ATAMTTWTSCMWAGAWKTG

StartP-valueSite
3488.97e-10ATTAATTAACATAATTATCCACAGGTGTGCTTAATTATG
1728.97e-10ATATATATATATACCAATGCCTTGATGTGAATAAAAAAA
4236.65e-09CATTCAATTAATACTTTTGCCTACAATTGGCTATCCTTT
3151.80e-07TATTTAACAAATAATTGCCCAAAGAATAAACAAATTAAT

Motif TGTGRATAAM

StartP-valueSite
1463.26e-07AGCATTTTACTGTGGATAACTTTGTAATAT
2942.37e-06TTAACATATTTGTGAATAACTTATTTAACA
2473.81e-06TGAATAAAAATGTGGATAAAAAATCATCAA
641.92e-05TTTTTATATTTTTGGATATCTTTTATATTA
2354.11e-05CTAAAAAAGATCTGAATAAAAATGTGGATA

Motif SYTATCC

StartP-valueSite
4428.93e-06CCTACAATTGGCTATCCTTTATATTTT
4073.01e-05ACAATAAAATCTTATCCATTCAATTAA
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96010090 100.0 483 0 0 1 483 1 483 0.0 893
ORI96030525 88.066 486 51 6 1 483 1 482 0.0 569
ORI60010251 88.066 486 51 6 1 483 1 482 0.0 569
ORI90010280 86.626 486 57 7 1 483 1 481 0.0 531
ORI96010350 85.947 491 55 10 1 483 1 485 0.0 512
ORI96010349 85.947 491 55 10 1 483 1970 2454 0.0 512
ORI92210344 85.947 491 55 10 1 483 25 509 0.0 512
ORI30010222 85.947 491 55 10 1 483 1 485 0.0 512
ORI10010185 85.947 491 55 10 1 483 1 485 0.0 512
ORI92310406 84.362 486 66 9 1 483 1 479 0.0 468
ORI96010091 85.0 440 55 9 1 437 1 432 0.0 436
ORI95011019 85.0 440 55 9 1 437 25 456 0.0 436
ORI95011016 85.0 440 55 9 1 437 25 456 0.0 436
ORI30010209 85.0 440 55 9 1 437 1 432 0.0 436
ORI10010137 85.0 440 55 9 1 437 1 432 0.0 436
ORI94010886 82.957 487 68 15 1 480 1 479 0.0 425
ORI96010215 82.166 471 71 11 1 466 1 463 0.0 392
ORI92310371 80.652 460 66 18 36 483 1 449 0.0 335