DoriC

RefSeq

NC_009975.1

DoriC accession number

aORI10010052

OriC length

610 nt

OriC AT content

0.8656

The location of oriC region

850657..851266 nt

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OriC map

OriC sequences

AAGCCATATCCCTCCAGTATGAAAATAGTCCGAAAAGTTTACCAAAATATATAATATATTATCTTTTTTATATGTTTCGAAAAACCGAAAGTTTGAATTATCAAAATTAAAAAAATTGTGAATATAAATTTAAAATTAAAAAAAATTGTGAATATAATATTTTTTTAAAGATATAAATAAAATAAACTCTTATTTTTAACTAAAAATTATTTTAATAAAATTATATAATTATATAAATATATCACAATAACTATAAAATTAATTTTAATTATAGAAAATAGTGTATGTTTGTAAATATTAATTGTGAATATAAATTTAAAATTAAAAAAAAGTGTGAATATAATAAGTAATATATATTAAAAGAATTAATTATTAATTAATTTAAAAATAAAATGATAAATACAAATATTATAACAAAAATATGGCTAAAACATAAAAATATGGCTAAAATATTGTAATAAAATTAATTTTTTAATTAATAAATTATATGGATTGAAATGATGTTATAAAATATTGTGAATATAATAGAATAACTAGATTTAAACATTATTTAATTGATAAATAAGTGAAATATAAATGAAATAATTGATTATTTAAAAATAGGGGTAGT

ORB AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif ATTGTGAATAT

Start	P-value		Site
513	3.84e-06	GTTATAAAAT	ATTGTGAATAT	AATAGAATAA
331	3.84e-06	ATTAAAAAAA	AGTGTGAATAT	AATAAGTAAT
301	3.84e-06	GTAAATATTA	ATTGTGAATAT	AAATTTAAAA
145	3.84e-06	ATTAAAAAAA	ATTGTGAATAT	AATATTTTTT
115	3.84e-06	AATTAAAAAA	ATTGTGAATAT	AAATTTAAAA

Motif KCSAWAWMCCKMMAGTWTG

Start	P-value		Site
3	2.54e-15	AA	GCCATATCCCTCCAGTATG	AAAATAGTCC
77	2.16e-11	TTTATATGTT	TCGAAAAACCGAAAGTTTG	AATTATCAAA

Motif TAKGGCT

Start	P-value		Site
440	1.66e-05	AACATAAAAA	TATGGCT	AAAATATTGT
421	1.66e-05	ATAACAAAAA	TATGGCT	AAAACATAAA
601	2.18e-05	TATTTAAAAA	TAGGGGT	AGT
26	4.24e-05	AGTATGAAAA	TAGTCCG	AAAAGTTTAC

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
aORI10010052	100.0	610	0	0	1	610	1	610	1127
aORI10010041	88.361	610	67	4	3	610	3	610	730
aORI10010019	82.881	590	86	14	1	583	610	29	516
aORI10010048	81.759	614	99	9	1	608	609	3	501
aORI10010106	89.308	159	17	0	1	159	424	266	200