DoriC

RefSeq

NC_009135.1

DoriC accession number

aORI10010041

OriC length

610 nt

OriC AT content

0.8525

The location of oriC region

1585215..1585824 nt

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OriC map

OriC sequences

AGGCCATATCCCTCCAGTATGAAAATAGTCCGAAAAGTTTCCCAAAATATATAATATATTATCTTTTTTATATGTTTCGAAAAGCCGAAAGTTTAAATTATAAAAATTAAAAATATTGTGAATATAAATTTAAAATTGGAAAAAATTGTGAATATAATATTTTTTTAAGAATATATTAAAAATAAACCGTTGTTTTTAACTAAAAATTAGTTTAATAGAATTACAAGATTATATAAATATATCACAATGATTATAAAATTAATTTTAATTATGGAAAATATACTATTTTTGTGAATATTAATTGTAAATATAAATTTAAAATTGGAAAAAATTGTGAATATAATAAATAATATATATTAAAAGAATTAATTAGTATTTAATTTAAAAATAAAATGATAAATACCAATATTAGACTAAAAATATGCTTAAAATATCAAGATATAATGAAAATAGTGTAATAAAATTAATATTCTAATTAATAAATTATATGAATTAATATAATGGTATAAAATATTGTGAATATAAATGAATATTTGGATTTAAACAATATTTAATTAGTAAATAAATAAAATATAGGTAAAATAATTAATTATTTGAAAATAGGGGTAGT

ORB AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif CCSWAA

Start	P-value		Site
10	2.79e-07	AGGCCATAT	CCCTCC	AGTATGAAAA
41	5.25e-05	CGAAAAGTTT	CCCAAA	ATATATAATA
85	9.36e-05	TTTCGAAAAG	CCGAAA	GTTTAAATTA
30	9.36e-05	TGAAAATAGT	CCGAAA	AGTTTCCCAA
187	1.38e-04	TAAAAATAAA	CCGTTG	TTTTTAACTA

Motif TTGTGAATAT

Start	P-value		Site
514	7.45e-06	GTATAAAATA	TTGTGAATAT	AAATGAATAT
332	7.45e-06	TTGGAAAAAA	TTGTGAATAT	AATAAATAAT
289	7.45e-06	TATACTATTT	TTGTGAATAT	TAATTGTAAA
146	7.45e-06	TTGGAAAAAA	TTGTGAATAT	AATATTTTTT
116	7.45e-06	ATTAAAAATA	TTGTGAATAT	AAATTTAAAA

Motif GGSYAK

Start	P-value		Site
2	8.03e-06	A	GGCCAT	ATCCCTCCAG
604	4.28e-05	TTGAAAATAG	GGGTAG	T

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
aORI10010041	100.0	610	0	0	1	610	1	610	1127
aORI10010052	88.361	610	67	4	3	610	3	610	730
aORI10010048	82.651	611	95	10	3	608	607	3	531
aORI10010019	80.587	613	100	16	3	606	608	6	455
aORI10010106	88.535	157	18	0	3	159	422	266	191