DoriC

RefSeq

NC_005791.1

DoriC accession number

aORI10010019

OriC length

610 nt

OriC AT content

0.8623

The location of oriC region

49910..50519 nt

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OriC map

OriC sequences

AAAATCCCCAATATTAAATAACTTATAAATTTATTTGTATTATATTCATTTATTAATTAAATATGGTTTAAATTTAGTAATACATTTATATTCACAATATAATATATTATTGTTTTAATTTACTCAATATATTATTTAAAAAATTAATATTATTACGATATTTCATCAGTTTAATCATGATTTAAACTCTTTTTATTAATTATCTTGATTTTTTATATTTCATTTGCAATTTAATTAATAATTATCTGTTTTAATATATATTACTTATTATATTCACAATTTATTTTATTTTTAAACTTATATTCACAATTAATATTTATAAAAATACCTTATTTTTCATAATTCAAATTAATTTTATATTTATTGTGATATATTTATATAATATACTGATTTTATTAAAATGATTTTTAATTAAAAATAAGGATTTAAATTAATTAAATACTTAAAAAGATATTATATTCACAATTTATTTTATTTTTAAACTTATATTCACAATATTATTATTTTAGATGTTTTAAACTTTCGGTTTTTCGAAACTTATAAAAAAGATAATTCATTATATATTTTAAGACACTTTTCGGACTATTTTCATACTGGAGGGATATGGCTT

ORB AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif TTATATTCACAAT

Start	P-value		Site
484	6.68e-07	ATTTTTAAAC	TTATATTCACAAT	ATTATTATTT
454	6.68e-07	TAAAAAGATA	TTATATTCACAAT	TTATTTTATT
298	6.68e-07	ATTTTTAAAC	TTATATTCACAAT	TAATATTTAT
268	6.68e-07	ATATTACTTA	TTATATTCACAAT	TTATTTTATT
86	6.68e-07	AGTAATACAT	TTATATTCACAAT	ATAATATATT

Motif CTKKMGGKWTWTSGM

Start	P-value		Site
594	3.92e-13	TATTTTCATA	CTGGAGGGATATGGC	TT
520	3.15e-09	ATGTTTTAAA	CTTTCGGTTTTTCGA	AACTTATAAA

Motif TMRGAC

Start	P-value		Site
578	4.09e-06	AAGACACTTT	TCGGAC	TATTTTCATA
567	1.73e-04	TTATATATTT	TAAGAC	ACTTTTCGGA

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
aORI10010019	100.0	610	0	0	1	610	1	610	1127
aORI10010052	82.852	589	88	11	29	610	583	1	516
aORI10010041	80.524	611	104	13	6	608	606	3	455
aORI10010106	99.371	159	1	0	452	610	266	424	289