DoriC

RefSeq

NC_015847.1

DoriC accession number

aORI10010106

OriC length

424 nt

OriC AT content

0.842

The location of oriC region

44875..45298 nt

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OriC map

OriC sequences

AAAATCCCCAATTTAAAATAACTTATAAATTTATTTGTATTATATTAATTTATTAATTAAATATGGTTTAAATTTAATAATACCTTTATATTCACAATATTTTATAATCTTATTTCACTTCATATATTATATTATTTAAAAAATTAATATTATTACGATATTTCATCAGTTTAATCATGATTTAAACTCTTTTTATTAATTATCTTGATTTTTTATATTTCATTTGCAATTTAATTAATAATTATCTGTTTTAATATATATTACTTATTATATTCACAATTTATTTTATTTTTAAACTTATATTCACAATATTATTATTTTGGATGTTTTAAACTTTCGGTTTTTCGAAACTTATAAAAAAGATAATTCATTATATATTTTAAGACACTTTTCGGACTATTTTCATACTGGAGGGATATGGCTT

ORB AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif GGAKGK

Start	P-value		Site
410	3.53e-07	TTTTCATACT	GGAGGG	ATATGGCTT
322	2.67e-05	TTATTATTTT	GGATGT	TTTAAACTTT

Motif ATTCACAA

Start	P-value		Site
4	9.56e-06	AAA	ATCCCCAA	TTTAAAATAA
302	6.18e-05	TTAAACTTAT	ATTCACAA	TATTATTATT
272	6.18e-05	TACTTATTAT	ATTCACAA	TTTATTTTAT
90	6.18e-05	ATACCTTTAT	ATTCACAA	TATTTTATAA
222	9.94e-05	TTTATATTTC	ATTTGCAA	TTTAATTAAT

Motif TTTCGR

Start	P-value		Site
390	4.48e-05	TTAAGACACT	TTTCGG	ACTATTTTCA
335	4.48e-05	TGTTTTAAAC	TTTCGG	TTTTTCGAAA
343	3.28e-04	ACTTTCGGTT	TTTCGA	AACTTATAAA
153	5.10e-04	ATTAATATTA	TTACGA	TATTTCATCA

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
aORI10010106	100.0	424	0	1	424	1	424	784
aORI10010019	99.371	159	1	266	424	452	610	289
aORI10010052	89.308	159	17	266	424	159	1	200
aORI10010041	88.535	157	18	266	422	159	3	191