RefSeq NC_017521.1
Accession number NC_017521.1
DoriC accession number ORI96040576
OriC length 294 nt
OriC AT content 0.809524
The location of oriC region 1016939..1017232 nt
Browse in NCBI
OriC map
OriC sequences
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmhATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaa
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
rpmHATCACTTACCTCCTTTACAAAAAAATAAATAATTCACACCTAATTATATAATATTTTGTATTAAAAATACACTTATAAACTTAATTTTTAGCTTCTCTATTAAATGTATATAAAACTAAAAATTACTCACAAAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAATTAAGATTTCCTTTTTTATATTTTGTTAATATAACTATAATATATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAAGTCTTTAATTTATAATATCTTTGGAGATAAATdnaA
5'-DnaA box-3'      3'-DnaA box-5'     Spacer     DnaA-trio            ATP-DnaA box
AT-rich region     GATC   CtrA binding motif     Fis binding site     IHF binding site
The information of repeat sequences

Motif TCCACR

StartP-valueSite
2382.00e-05ATGGATTTTGTCCACGTTTTCCACAT
2471.21e-04GTCCACGTTTTCCACATTTTTAACAA

Motif GATWAG

StartP-valueSite
1591.46e-04TTGATAAGTTGATAAGTTATAGATTA
1511.46e-04GTTAATTGTTGATAAGTTGATAAGTT
1703.02e-04ATAAGTTATAGATTAGTGCAAATAAT

Motif WTGGAK

StartP-valueSite
2835.99e-05TATAATATCTTTGGAGATAAAT
2282.16e-04ACTATAATATATGGATTTTGTCCACG
Distribution of genes on leading or lagging strand
Distribution of nucleotide on leading or lagging strand
The result of BLAST Download

subject_id identity aln_length mismatches gaps q_start q_end s_start s_end e_value bit_score
ORI96040576 100.0 294 0 0 1 294 1 294 0.0 544
ORI94040271 100.0 294 0 0 1 294 1 294 0.0 544
ORI10010178 92.905 296 18 3 1 294 1 295 0.0 427
ORI94010839 87.162 296 29 8 3 294 3 293 0.0 327
ORI10010103 85.328 259 33 5 38 294 1 256 0.0 263