DoriC

RefSeq

NC_005364.2

Accession number

NC_005364.2

DoriC accession number

ORI10010103

OriC length

169 nt

OriC AT content

0.83432

The location of oriC region

1211535..1211703 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

rpmHACCTAATTATATAATATTTTGCTTTAAAAATACACTTATAGACTTAATTTTTAGCTTCTAAATTAAATGTAGATAAAACCACAAATTACTAACAGAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAACTATAAAATAAACCATTAAAATAAGATTTTATAATTTATTAATdnaA

rpmhACCTAATTATATAATATTTTGCTTTAAAAATACACTTATAGACTTAATTTTTAGCTTCTAAATTAAATGTAGATAAAACCACAAATTACTAACAGAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAACTATAAAATAAACCATTAAAATAAGATTTTATAATTTATTAATdnaa

rpmHACCTAATTATATAATATTTTGCTTTAAAAATACACTTATAGACTTAATTTTTAGCTTCTAAATTAAATGTAGATAAAACCACAAATTACTAACAGAAATATTAGTTAATTGTTGATAAGTTGATAACTATAAAATAAACCATTAAAATAAGATTTTATAATTTATTAATdnaA

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif GTWGAT

Start	P-value		Site
119	1.40e-04	TTGTTGATAA	GTTGAT	AACTATAAAA
111	1.40e-04	TTAGTTAATT	GTTGAT	AAGTTGATAA
69	3.03e-04	TAAATTAAAT	GTAGAT	AAAACCACAA

Motif TTTWGC

Start	P-value		Site
17	1.57e-04	TTATATAATA	TTTTGC	TTTAAAAATA
50	3.40e-04	AGACTTAATT	TTTAGC	TTCTAAATTA

Motif CTWAYAG

Start	P-value		Site
89	4.54e-05	CCACAAATTA	CTAACAG	AAATATTAGT
35	1.27e-04	TAAAAATACA	CTTATAG	ACTTAATTTT

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

Download

subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
ORI10010103	100.0	169	0	0	1	169	1	169	313
ORI94010839	95.882	170	6	1	1	169	37	206	274
ORI10010178	87.195	164	20	1	1	163	38	201	185
ORI96040576	92.063	126	10	0	1	126	38	163	178
ORI94040271	92.063	126	10	0	1	126	38	163	178