DoriC

RefSeq

NC_011595.1

Accession number

NC_011595.1

DoriC accession number

ORI92710458

OriC length

670 nt

OriC AT content

0.728358

The location of oriC region

3760406..94 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

rpmHATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTTCTTATTTAAAAGTTATGCACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAAGACTTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTATCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGGTTTTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCACAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGTGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCACAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaA

rpmhATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTTCTTATTTAAAAGTTATGCACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAAGACTTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTATCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGGTTTTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCACAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAAATTTAAATTTATTCTTATTAGTGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCACAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaa

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif AKTTATYCACAA

Start	P-value		Site
289	6.99e-08	CATATTTTTT	AGTTATCCACAA	TTTGGATCAG
155	1.81e-07	CTTATTTAAA	AGTTATGCACAA	AGTAATTGTT
493	4.02e-07	ATGTGCAAAA	AGTTATTCACAA	TTGATTTTGA
470	8.20e-07	TTATGTGATA	ATTTATCCACAG	GATGTGCAAA
521	1.66e-06	TTGAATTTAA	ATTTATTCACAA	GAGATTTCTT

Motif TGTGGA

Start	P-value		Site
577	1.61e-04	TCATGACAGA	TGTGGA	TAACTTGGGT
449	1.61e-04	CTTTATGGAT	TGTGGA	TAAGTTTATG
372	1.61e-04	GGACTTTTCT	TGTGGA	TTTCACAGTT
359	1.61e-04	TTCTTATTAG	TGTGGA	CTTTTCTTGT
484	3.03e-04	ATCCACAGGA	TGTGCA	AAAAGTTATT

Motif SASCCC

Start	P-value		Site
601	3.61e-05	GTAGAATGGC	GACCCC	TTCTCATCAG
308	3.61e-05	CAATTTGGAT	CAGCCC	TATTAAATAA

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

Download

subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
ORI92710458	100.0	670	0	0	1	670	1	670	1238
ORI96010325	99.851	670	1	0	1	670	670	1	1232
ORI92310381	99.851	670	1	0	1	670	1	670	1232
ORI92710456	99.701	670	0	2	1	670	668	1	1225
ORI96010208	99.552	670	2	1	1	670	1	669	1219
ORI96010015	99.552	670	2	1	1	670	669	1	1219
ORI96010013	99.255	671	3	2	1	670	670	1	1210
ORI92310379	98.659	671	8	1	1	670	1	671	1188
ORI92510414	99.513	616	3	0	55	670	616	1	1122
ORI96010089	99.513	616	2	1	55	670	615	1	1120
ORI95010947	87.116	683	73	8	1	670	1	681	760
ORI93010694	86.861	685	71	12	1	670	1	681	749
ORI10010111	76.667	630	111	29	2	614	2	612	316