DoriC

RefSeq

NC_010400.1

Accession number

NC_010400.1

DoriC accession number

ORI92310379

OriC length

671 nt

OriC AT content

0.733234

The location of oriC region

3421650..366 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

rpmHATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTTCTTATTTAAAAGTTATACACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAATAATTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTATCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGGTTCTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCATAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAATTTTAAAATTTATTCTTATTAGCGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCATAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaA

rpmhATCGAAACTCCCAAAAATGATCTTTCTATAAAGGTCCGCGATTTTATTGTGCAATGTTTACGCTGTCAATGAAAAACCGTGAAAGTTTTGTATTTAAGTCAAATTTTTAACTTTTTATCTTCTCTTTATATTTAGCCTATTTTTCTTATTTAAAAGTTATACACAAAGTAATTGTTTATTTTTATTAATAATTTTAAGATATACACTTCTTATTTACATACTTATCAACAAACCTTGATGTGAAGTTGGTTCTGATTTGGTATATTTGAATTTAAATTCATATTTTTTAGTTATCCATAATTTGGATCAGCCCTATTAAATAAATTCAAATTTTAAATTTTAAAATTTATTCTTATTAGCGTGGACTTTTCTTGTGGATTTCATAGTTTTAAATTTAAAAAACATATATTTGAACTGTTGATAACTCTGTTTTTATTGTCTTTATGGATTGTGGATAAGTTTATGTGATAATTTATCCACAGGATGTGCAAAAAGTTATTCACAATTGATTTTGAATTTAAATTTATTCACAAGAGATTTCTTTTTAGGCAAAATCAAACGAAATCGTCATGACAGATGTGGATAACTTGGGTAGAATGGCGACCCCTTCTCATCAGGAAGGGTTAATCTTTAAATGATTTGAATTTAAAACGCAGACATAGGGGATACACdnaa

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif AKTTATHCACAA

Start	P-value		Site
494	6.02e-07	ATGTGCAAAA	AGTTATTCACAA	TTGATTTTGA
471	6.88e-07	TTATGTGATA	ATTTATCCACAG	GATGTGCAAA
155	1.06e-06	CTTATTTAAA	AGTTATACACAA	AGTAATTGTT
522	1.95e-06	TTGAATTTAA	ATTTATTCACAA	GAGATTTCTT
220	3.29e-06	TTATTTACAT	ACTTATCAACAA	ACCTTGATGT

Motif RGYSHSSVMTTTTMWTSWGSA

Start	P-value		Site
599	4.08e-12	TGGGTAGAAT	GGCGACCCCTTCTCATCAGGA	AGGGTTAATC
358	4.85e-11	TATTCTTATT	AGCGTGGACTTTTCTTGTGGA	TTTCATAGTT
33	3.21e-10	TTTCTATAAA	GGTCCGCGATTTTATTGTGCA	ATGTTTACGC

Motif ACGCWGWCA

Start	P-value		Site
651	4.44e-07	TGAATTTAAA	ACGCAGACA	TAGGGGATAC
60	2.26e-06	TGCAATGTTT	ACGCTGTCA	ATGAAAAACC

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
ORI92310379	100.0	671	0	0	1	671	1	671	1240
ORI92710458	98.659	671	8	1	1	671	1	670	1188
ORI96010325	98.51	671	9	1	1	671	670	1	1182
ORI96010208	98.51	671	8	2	1	671	1	669	1182
ORI96010015	98.51	671	8	2	1	671	669	1	1182
ORI92310381	98.51	671	9	1	1	671	1	670	1182
ORI92710456	98.361	671	8	3	1	671	668	1	1175
ORI96010013	98.214	672	9	3	1	671	670	1	1171
ORI96010089	98.379	617	8	2	55	671	615	1	1083
ORI92510414	98.379	617	9	1	55	671	616	1	1083
ORI95010947	86.404	684	77	9	1	671	1	681	734
ORI93010694	86.152	686	75	15	1	671	1	681	723