DoriC

RefSeq

NC_013316.1

Accession number

NC_013316.1

DoriC accession number

ORI93010593

OriC length

10107 nt

OriC AT content

0.715939

The location of oriC region

4190682..9449 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

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AAATTAAAAATAAATGAAAAAGAGATATACATAGTAAATCCTAAGAGTAACGTAAAAAAGATTTTTACTATAACAGGTCTAGATAAAATATTTAAAGTGGAGGGATAAACT-

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif TGDAGAASTTGCWGAWTCTVCAGMWRAAG

Start	P-value		Site
1033	1.83e-15	ATGCTGCATG	CGTTGCAGTTGCAGAATCTCCAGCTAAAG	CTTATAACCC
6014	7.56e-13	CATCTTTACC	TGGAAAACTTGCAGATTGTGCAGAAAAAG	ATCCATCTAA
6587	2.06e-12	TACAAGTTAC	TGTAGAAGATGCTGCAATTGCAGATGAAG	TATTTTCAAT
5261	3.79e-12	CATCTAAGCT	TGAAGTAGTTGGAGAATCTCAAGATAAAG	GAACAATGAT
9849	1.14e-11	TTTGTCTTGA	TGGAGAACTTGATGTTTCTACAGCAGATA	AACTAAAGGA

Motif AAAGGTHTTGCWGHARTDRWWKYAVHTHAATTAYCAGMA

Start	P-value		Site
5751	1.60e-16	AGACATAAGA	GAAGGTCTTACAGCAGTAGTATCAGTTAAATTACCAGAA	CCTCAATTTG
8458	1.65e-15	GAGACAGGCT	AAAGGTACTGCTATAGTGAATTTACTTCAATTGTCAGCA	GATGAGAAAA
2541	1.75e-14	ATTTAAAATT	AAAGGTTATGCAGCAAAAGAATTTCCTAAATTACCAGAA	TTAAATGAAG
6507	1.09e-13	TCAAAGGTAC	AAAGGTCTTGGAGAGATGAATGCAGAGCAATTATGGGAA	ACAACTATGA
7234	5.42e-13	AAATGGCTCA	AATGGTATAGCTGTTGGTATGGCAACTTCAATACCTCCA	CATAATTTAG

Motif CYTCATRTAGDTGRDGAGTTTGKAGGTRRAGMMYAKHC

Start	P-value		Site
1841	8.31e-16	TTTATCCCTT	CCTAAAATAGGTGAAGAGTTTGGGGGTAGAGACCATAC	AACAGTAATT
6357	2.98e-15	ATATATGAGA	CCTCTTATAGATGAGGGGTATGTTTATGCAGCACAGCC	ACCTTTATAT
6919	1.15e-14	CAGGAAGTCA	GCTCGTATTGTTGGGGACGTTTTAGGTAAGTACCATCC	TCATGGAGAT
5091	6.34e-14	ATTAACTAAT	CTTCATGCAGGAGGAAAGTTTGGAGGCGGAGGATATAA	AGTATCTGGA
5142	1.54e-13	ATCTGGAGGT	CTTCATGGAGTTGGTGTTTCTGTAGTTAATGCATTGTC	AAAATGGATG

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

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ORI93010593	100.0	658	1	658	1	658	1216
ORI93010591	100.0	658	1	658	1	658	1216
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