DoriC

RefSeq

NC_013315.1

Accession number

NC_013315.1

DoriC accession number

ORI93010591

OriC length

658 nt

OriC AT content

0.797872

The location of oriC region

4109897..4110554 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

rpmHTATTTTGCACCGCCTTTCAGATTTTATTTTCCGTTTATAAAAATAATAACTTTACCCTCAAAGTAAACATAACACATATAATTATAAATACTTTTACTACTGTTGTCAACGAGTTTTTGGGACGCTTATATCACAAAATCTACCATATATATATTATGTATTTTTTTTATTGAAAATACTAGCAAAAATCTATTTAATTTTATTCTAAATTATTTTTTTCAATTATATACACAAATAAAGTAATTTTAACATGTTTATATTTTTATCAACAATTAGTTAATATTGTGGATAAATTAGTTACAAATCATTGAAGTTTGACATATATTTTGATATTATAAATATACTTGTTGATAATGTGCATAAATGTTATCAACTTATTAGAAATTATTCACAGCTTGTGGATACTTTTGTGTATAACTTTTAAGATTACTGACAATACTCTAGTTATAATCACCATTTATTGTATGTTTATGTTATTTATAACTTTATCTACATATTGTTTATATCTTTTCATATTTTTTTAATAATTTATACTATTATTAATTTATCAACACCATTATCCATAAATTTAGTTATTCTGTAAAATTTATATATATTTTTGCTTTTCTGTTAATAACTTTGTGGAAAATATTAATTATTCTGTTCGGAGGTTTATATTdnaA

rpmhTATTTTGCACCGCCTTTCAGATTTTATTTTCCGTTTATAAAAATAATAACTTTACCCTCAAAGTAAACATAACACATATAATTATAAATACTTTTACTACTGTTGTCAACGAGTTTTTGGGACGCTTATATCACAAAATCTACCATATATATATTATGTATTTTTTTTATTGAAAATACTAGCAAAAATCTATTTAATTTTATTCTAAATTATTTTTTTCAATTATATACACAAATAAAGTAATTTTAACATGTTTATATTTTTATCAACAATTAGTTAATATTGTGGATAAATTAGTTACAAATCATTGAAGTTTGACATATATTTTGATATTATAAATATACTTGTTGATAATGTGCATAAATGTTATCAACTTATTAGAAATTATTCACAGCTTGTGGATACTTTTGTGTATAACTTTTAAGATTACTGACAATACTCTAGTTATAATCACCATTTATTGTATGTTTATGTTATTTATAACTTTATCTACATATTGTTTATATCTTTTCATATTTTTTTAATAATTTATACTATTATTAATTTATCAACACCATTATCCATAAATTTAGTTATTCTGTAAAATTTATATATATTTTTGCTTTTCTGTTAATAACTTTGTGGAAAATATTAATTATTCTGTTCGGAGGTTTATATTdnaa

5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif SGGASG

Start	P-value		Site
645	6.86e-06	TTATTCTGTT	CGGAGG	TTTATATT
119	6.86e-06	ACGAGTTTTT	GGGACG	CTTATATCAC

Motif GTGGATAA

Start	P-value		Site
285	5.81e-06	AGTTAATATT	GTGGATAA	ATTAGTTACA
398	7.76e-06	TTCACAGCTT	GTGGATAC	TTTTGTGTAT
621	1.21e-05	TAATAACTTT	GTGGAAAA	TATTAATTAT
356	2.11e-05	TGTTGATAAT	GTGCATAA	ATGTTATCAA
347	5.89e-05	AAATATACTT	GTTGATAA	TGTGCATAAA

Motif CACMGC

Start	P-value		Site
8	5.31e-06	TATTTTG	CACCGC	CTTTCAGATT
390	2.11e-05	AGAAATTATT	CACAGC	TTGTGGATAC

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

Download

subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	e_value	bit_score
ORI93010593	100.0	658	0	0	1	658	1	658	0.0	1216
ORI93010591	100.0	658	0	0	1	658	1	658	0.0	1216