DoriC

RefSeq

GCF_000178495.2

Accession number

NZ_CP029003.1

DoriC accession number

ORI97019976

OriC length

449 nt

OriC AT content

0.728285

The location of oriC region

1929320..1929768 nt

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OriC map

OriC sequences

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5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif RTTWTCHRCAGAT

Start	P-value		Site
302	1.79e-07	AAATCTAATA	GTTATCCACAGGT	GAAGCATTTT
375	2.92e-07	AATCTACTGA	ATTATCCACAGAT	AAAATAATTA
266	1.21e-06	AAGATCTTGT	ATTTTCAACAGAT	CTAATTTGTG
352	1.69e-06	TAGATCTCAA	GTTGTCAGGCGAT	AATCTACTGA
398	1.69e-05	AAAATAATTA	ATTTTATGCTGAT	TTAATAAACA

Motif GATCSK

Start	P-value		Site
119	4.55e-05	TCCGAAAGAA	GATCCG	ATGATCGCTA
107	4.55e-05	TCGTTTATTC	GATCCG	AAAGAAGATC
187	2.48e-04	TTATTAGAGA	GATCCT	TTTATGAGGA
127	2.93e-04	AAGATCCGAT	GATCGC	TAATTATCAT
95	4.15e-04	GCAATTTTAA	GATCGT	TTATTCGATC

Motif TCTRCCT

Start	P-value		Site
4	1.34e-05	ATA	TCTGCCT	TTATAATTTT
55	4.86e-05	AGAGTGCTAT	TCTACCT	CAAAATTACA

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

Download

subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	e_value	bit_score
ORI92530222	100.0	449	0	0	1	449	1	449	0.0	830
ORI92230190	99.109	449	4	0	1	449	1	449	0.0	808
ORI80030140	99.109	449	4	0	1	449	1	449	0.0	808