DoriC

RefSeq

NC_010085.1

DoriC accession number

aORI10010053

OriC length

478 nt

OriC AT content

0.6883

The location of oriC region

1644927..145 nt

Browse in NCBI

OriC map

OriC sequences

GTTAGGATCTATTCGATCTGATGTTAACAGTTCAAATGATCCGCGAAAATTTGTTAACTAAATGGTTTGTTAACATTGACTGTGTAAGCCACGCCTAGTTATTTTTTTGTTATTAACAATTAGTCGTGTATAAGCCCCCTAAATTAAGAAATATTCATGCCTGGAGTGGAAATAAAGGGGTTAGATTTGAGATATTCACAATGTTAACGTCAATTTTAACGCCTGGAGTGGAAATTAGGGGGTCAAAATAGGGTTTTTGGGAGTTTTCTTAACATCAAATTAACATGGTTGTTAATTTCCAGTGGAACCCACACACCAATATTTCCACTCTTCTTTTTTCTATTTTTTTTTTGAGAAAAAACAAAAACTAACTAAAAATAATTAATTACAAACTAAACTAGAATTACTATTCTATTCTATACTCTCTTAATTGAGATATGGTTAAGATGAAATTGATAGGAAACAAAGGTGTGTGAGT

ORB AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif RMMTKGAKWGGAAATWARGGKGT

Start	P-value		Site
159	5.77e-15	AAATATTCAT	GCCTGGAGTGGAAATAAAGGGGT	TAGATTTGAG
221	2.29e-14	CAATTTTAAC	GCCTGGAGTGGAAATTAGGGGGT	CAAAATAGGG
450	4.27e-11	GGTTAAGATG	AAATTGATAGGAAACAAAGGTGT	GTGAGT

Motif MSWGTRTAASCCAC

Start	P-value		Site
299	5.34e-09	TTGTTAATTT	CCAGTGGAACCCAC	ACACCAATAT
79	1.12e-08	GTTAACATTG	ACTGTGTAAGCCAC	GCCTAGTTAT
125	1.80e-08	AACAATTAGT	CGTGTATAAGCCCC	CTAAATTAAG

Motif TGTTAAC

Start	P-value		Site
202	1.18e-04	ATATTCACAA	TGTTAAC	GTCAATTTTA
68	1.18e-04	CTAAATGGTT	TGTTAAC	ATTGACTGTG
52	1.18e-04	CGCGAAAATT	TGTTAAC	TAAATGGTTT
22	1.18e-04	TTCGATCTGA	TGTTAAC	AGTTCAAATG

The result of BLAST

Download

subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	bit_score
aORI10010053	100.0	478	0	0	1	478	1	478	883
aORI10010240	86.515	482	51	11	3	478	27	500	518
aORI10010296	79.637	496	72	20	2	478	486	1	329