DoriC

RefSeq

NC_000909.1

DoriC accession number

aORI10010004

OriC length

687 nt

OriC AT content

0.7962

The location of oriC region

694540..695226 nt

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OriC map

OriC sequences

ATTTACACCCAGTATTCCTAATAACTATTATTGTTGTGATTTTGTTTTGTTGATACTCAATTATATTTGACATACTCGTTTATAAAACTTTTGATTCATGGGATTGTTTTAACCCCTATGTGTTGGGTGTAGTAATACTAACATTTTAAGAACGTCTCTTTGAGTATGTTTCTATATTGTACCAATATTTATCTCTTTCTATTATTTTGTTGTTATATGCTATTTTTTACTAATAATTCTTAGATTTAATATACTGTTAATTTACATATAATCTTTGATTCATAGTTTTTTATTGGTTATATTATTTGATTCACGATATCTTATTTTTAATATTTTGAAGCAATTCCTATGAGAAGAATTAAAATTAACTTTATTTCATTAGAATAATATATATATTATATTTAATTTCATTCAAGTTTATTTCTGAAAATAATAATCACTTATTCTATATGAAATATTGTTTGATTCATTAGATTTTTTAATTTTATTGTTTGATTCATGAGATTTTTAATAAACTTTATAATAAAACATTTAAATTTAAGAATAATTGATTCAATCTATCTTTCGATTTTTCGAAATCTATATAACGTTCTTAAGACAAAAGTTCGAAATCAATGGAAAATATTGTAGATAATTAGTAGATAATTAATTTAAATAAATTAATTTATATTTTATTGCGGTGGAAAC

ORB AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif AWTNTTTGATTCATGRKATTTT

Start	P-value		Site
487	2.68e-11	TTTTAATTTT	ATTGTTTGATTCATGAGATTTT	TAATAAACTT
86	1.13e-10	TCGTTTATAA	AACTTTTGATTCATGGGATTGT	TTTAACCCCT
457	7.26e-10	TATATGAAAT	ATTGTTTGATTCATTAGATTTT	TTAATTTTAT
301	1.32e-09	TATTGGTTAT	ATTATTTGATTCACGATATCTT	ATTTTTAATA
270	9.82e-09	ATTTACATAT	AATCTTTGATTCATAGTTTTTT	ATTGGTTATA

Motif AMMCCC

Start	P-value		Site
111	2.36e-05	GGATTGTTTT	AACCCC	TATGTGTTGG
5	2.36e-05	ATTT	ACACCC	AGTATTCCTA

Motif CGAAATC

Start	P-value		Site
607	1.74e-05	GACAAAAGTT	CGAAATC	AATGGAAAAT
574	1.74e-05	TTCGATTTTT	CGAAATC	TATATAACGT

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	e_value	bit_score
aORI10010004	100.0	687	0	0	1	687	1	687	0.0	1269
aORI10010091	78.319	678	113	29	28	687	662	1	0.0	407
aORI10010080	75.826	575	110	25	57	611	597	32	0.0	265
aORI10010083	73.469	343	68	22	255	586	420	90	5.23e-25	108