DoriC

RefSeq

NS_000195.1

Accession number

NS_000195.1

DoriC accession number

ORI94010902

OriC length

420 nt

OriC AT content

0.688095

The location of oriC region

1333..1752 nt

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OriC map

OriC sequences

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5'-DnaA box-3' 3'-DnaA box-5' Spacer DnaA-trio ATP-DnaA box
AT-rich region GATC CtrA binding motif Fis binding site IHF binding site

The information of repeat sequences

Motif GTTATCCACAA

Start	P-value		Site
285	2.51e-07	TTATCCACAA	GTTATCCACAA	GGAAATACTT
274	2.51e-07	AAAAACCAAA	GTTATCCACAA	GTTATCCACA
171	2.51e-07	TTATAAAAAA	GTTATCCACAA	GTGTGGATAG
359	6.26e-07	CAAATATCCC	CCTATCCACAA	CGCCTACTTA

Motif STGGAT

Start	P-value		Site
248	2.07e-04	AACTTTTTCT	GTGGAT	AAGTAAGGAT
198	2.07e-04	ATAGAATTAA	GTGGAT	GGAGGTGAAT
184	2.07e-04	ATCCACAAGT	GTGGAT	AGAATTAAGT
39	3.57e-04	ATTGGATTTT	CTGGAT	TTATTATTTT
21	3.57e-04	ACGCAGATAA	CTGGAT	TTATTGGATT

Motif GCTATGSC

Start	P-value		Site
116	2.61e-06	AAGATGCAGA	GCTATGCC	GAGCTATGGC
126	6.22e-06	GCTATGCCGA	GCTATGGC	TACAATAAAA

Distribution of genes on leading or lagging strand

Distribution of nucleotide on leading or lagging strand

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	e_value	bit_score
ORI94010902	100.0	420	0	0	1	420	1	420	0.0	776
ORI95010949	100.0	28	0	0	271	298	28	55	6.62e-08	53