DoriC

RefSeq

NC_003425

DoriC accession number

pORI00000366

OriC length

639 nt

OriC AT content

0.8404

The location of oriC region

5034..392 nt

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OriC map

OriC sequences

TTTGTTAAATCTGTTTGAAATTAAGTTTTCATTTAGATTTGGAATAATTGAAAATGATCTGTAAGTCATATTTTTTTCCTTAAAATATAAAAATATCAAGTCACTTTAAAATTTGGTTTTAAAAAAATTTTTCAAGTCTAATTTTAAATCAAAAAAAATAAATTATTTTTAATTTAAATTATTTCATTGAAAATAAATTTATATGATTTTTATGAGTTATATTCATTAAAAATTTATATTTCTTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAAAAATTTGTCTAATTTTCGGTTAAAAGATAAGTTATATTTAGTTAAAACAAGTTAAGCAAAAAAATATGCTTGATGAAGCCTTATTCCAACAGTGTTTTTTTTTGACTAAGGTTTTTAAATCACGAGAAAAAGTTTTTAAATCACGAGAAAAAGTTTTTAAATCACGATTCAAAAGTTTTTAAATCACGATTGATAGTAAAATTTTTATTAAAAATTTATTTTATTATTACAGTAAATAAATTAGTATCAGAATATTTGAATAATAAATGCATTTTCTTAAAATATATCAATCAAATAAATTTATTAGCTAATAATATAAAAGAAAATTATTTAATTAATTTTTTATTTTGAATTTTTTTTGGGAAAAATA

AT-rich region

The information of repeat sequences

Motif MAAAAGTTTTTAAATCACGAK

Start	P-value		Site
375	7.19e-13	TTTTTTTTGA	CTAAGGTTTTTAAATCACGAG	AAAAAGTTTT
439	4.68e-12	AATCACGATT	CAAAAGTTTTTAAATCACGAT	TGATAGTAAA
396	7.55e-12	AAATCACGAG	AAAAAGTTTTTAAATCACGAG	AAAAAGTTTT
417	3.09e-11	AAATCACGAG	AAAAAGTTTTTAAATCACGAT	TCAAAAGTTT

Motif SAAGTC

Start	P-value		Site
344	1.10e-05	TATGCTTGAT	GAAGCC	TTATTCCAAC
133	4.08e-05	AAAAATTTTT	CAAGTC	TAATTTTAAA
97	4.08e-05	ATAAAAATAT	CAAGTC	ACTTTAAAAT

Motif MYWACAG

Start	P-value		Site
355	1.82e-06	AAGCCTTATT	CCAACAG	TGTTTTTTTT
495	2.01e-04	TTATTTTATT	ATTACAG	TAAATAAATT

The result of BLAST

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subject_id	identity	aln_length	mismatches	gaps	q_start	q_end	s_start	s_end	e_value	bit_score
pORI00000366	100.0	639	0	0	1	639	1	639	0.0	1181